段祺瑞曾袁世凱的部下,在天津練兵時(shí)就跟隨袁世凱,是北洋軍“皖系”的首領(lǐng)。
1912年2月15日袁世凱被南京臨時(shí)參議院推舉為臨時(shí)大總統(tǒng),17日袁令段祺瑞署理陸軍部總長(zhǎng),有訓(xùn)練、調(diào)遣軍隊(duì)和提拔軍官的權(quán)力,29日通過(guò)段祺瑞為陸軍總長(zhǎng),北京第一屆內(nèi)閣組成,段祺瑞積極參與袁世凱打擊責(zé)任內(nèi)閣與革命黨人的活動(dòng)。8月16日,段以陸軍總長(zhǎng)身份副署,使袁世凱、黎元洪殺害武昌首義元?jiǎng)讖堈裎涞年幹\得以實(shí)現(xiàn),22日參議院對(duì)段祺瑞提出彈劾,23日段祺瑞赴參議院答辯。9月7日,袁世凱頒令段祺瑞授為陸軍上將。10月9日特授勛一位,給予二等嘉禾章。12月8日,段祺瑞受袁世凱命到武昌以“磋商要政”為詞“迎接”副總統(tǒng)黎元洪入京,9日晚黎元洪等十?dāng)?shù)人在陳宦的押解式的陪同下登車北上,10日袁世凱就公布了以陸軍總長(zhǎng)段祺瑞暫代領(lǐng)湖北都督的命令。
1914年2月1日,袁世凱召段祺瑞回京供職,另遣段芝貴署理湖北都督。
1915年3月19日袁世凱召開(kāi)對(duì)日會(huì)議,段祺瑞主張強(qiáng)硬。5月2日,參謀總長(zhǎng)黎元洪、陸軍總長(zhǎng)段祺瑞、海軍總長(zhǎng)劉冠雄率三部之遠(yuǎn)赴關(guān)岳廟宣誓,以示軍人忠誠(chéng)衛(wèi)國(guó)。5月8日,內(nèi)閣討論日方關(guān)于要袁世凱簽訂“二十一條”的最后通牒,段祺瑞獨(dú)持異議,主張動(dòng)員軍隊(duì),對(duì)日采取強(qiáng)硬態(tài)度,袁世凱決定屈從,30日段稱病辭職,隱居西山。8月14日北京成立“籌安會(huì)”,段祺瑞對(duì)袁世凱帝制行為表示不滿。8月28日,袁世凱下令正式免段祺瑞陸軍總長(zhǎng)職。12月袁世凱稱帝大封爵位,段祺瑞并未授爵。
1916年3月22日,袁世凱被迫取消洪憲帝制,23日令段祺瑞任參謀總長(zhǎng)。4月22日,段祺瑞代徐世昌為政事堂國(guó)務(wù)卿,23日兼陸軍總長(zhǎng),免參謀總長(zhǎng),5月8日撤銷政事堂恢復(fù)國(guó)務(wù)院和總理名稱,實(shí)行責(zé)任內(nèi)閣制,段祺瑞任國(guó)務(wù)總理。但袁對(duì)段并不放心,不但不采納段祺瑞的建議,反而暗囑梁士詒以掣其肘,這加深了段的怨恨,對(duì)當(dāng)時(shí)軍事政局的變化也不盡心。5月12日,段祺瑞下令中國(guó)銀行、交通銀行兩行停止兌付現(xiàn)金,促使人們對(duì)袁更加不滿。6月6日袁世凱病死,此后北洋政府的內(nèi)政外交在很長(zhǎng)一段時(shí)間內(nèi)都由段祺瑞主導(dǎo)。