公元前3世紀(jì)已有文載。從中國漢武帝時(shí)，吉爾大部分首次納入中國版圖。漢武帝李廣利于前104年（太初元年）、三年兩伐大宛（在今中亞費(fèi)爾干納盆地），使西域的許多城國相繼臣服于漢。前102年（太初三年）戰(zhàn)勝大宛后，西漢朝廷在輪臺（今新疆輪臺東）、渠犁（今新疆庫爾勒西南）置使者、校尉，這是西漢政府在西域設(shè)置行政機(jī)構(gòu)之始。后又設(shè)置伊循都尉、護(hù)鄯善以西使者。

公元前59年（神爵三年），因匈奴內(nèi)爭，其主管西域的日逐王先賢撣率萬余眾降漢，漢使護(hù)鄯善以西使者鄭吉迎之，匈奴在西域的統(tǒng)治力量隨之瓦解。于是漢廷使護(hù)鄯善以西南道諸地的鄭吉“并護(hù)（車師以西）北道，故號曰都護(hù)”。西域都護(hù)是西漢政府在西域設(shè)置的最高軍政機(jī)構(gòu)，治烏壘城（今新疆輪臺東北），“鎮(zhèn)撫諸國，誅伐懷集之”，并“督察烏孫（在今新疆伊犁河流域）、康居（在今哈薩克斯坦境內(nèi)巴爾喀什湖與咸海之間）諸外國動(dòng)靜，有變以聞 ，可安輯安輯之，可擊擊之”。起初負(fù)責(zé)“護(hù)西域三十六國”，后來擴(kuò)大統(tǒng)治范圍，“最凡國五十”，西至今巴爾喀什湖以東、以南的烏孫，今鉑爾河上游的大宛，今帕米爾地區(qū)的無雷，今阿賴谷地的休循等國，都受其管轄�！皾h之號令班西域矣”，西域正式納入了西漢王朝的版圖。

今天吉爾吉斯大部分從西漢一直到西晉都是中國版圖，唐朝再次納入中國版圖，640年（唐朝貞觀十四年）置。治所西（今新疆吐魯番東高昌故城），統(tǒng)安西四鎮(zhèn)，龜茲、疏勒、于闐、碎葉（今吉爾吉斯斯坦的托克馬克），轄境相當(dāng)今新疆及哈薩克東部、吉爾吉斯北部楚河流域。自656年（顯慶元年）至664年（麟德元年），這期間，是武則天為皇后輔佐高宗到垂簾聽政階段。657年，唐高宗發(fā)大軍分南北兩道進(jìn)攻西突厥，一舉滅掉了西突厥，西突厥領(lǐng)土全部為唐所有。661-663年（顯慶、龍朔年間），唐軍平定西突厥，轄區(qū)擴(kuò)大至今阿爾泰山西至咸海及蔥嶺的東西各部直至阿姆河兩岸城的諸城邦國包括今吉爾吉斯斯坦大部分。670年（唐朝咸亨元年），安西都護(hù)府治所移至碎葉城。唐朝前中期，在中亞的領(lǐng)土一直延伸到中亞的咸海。設(shè)立安西都護(hù)府管轄，都護(hù)府下面設(shè)都督府，都督府下面設(shè)州。安西都護(hù)府管轄地域包括哈薩克斯坦東部、塔吉克斯坦大部、吉爾吉斯斯坦全部、阿富汗斯坦、伊朗等國的部分地區(qū)。

元朝時(shí)為蒙古族察合臺汗國地，15世紀(jì)后半葉吉爾吉斯民族基本形成。16世紀(jì)受沙俄壓迫，自中亞的葉尼塞河上游遷居至此。清朝時(shí)再次納入中國版圖，東部和南部大部分地區(qū)屬于中國新疆，西部屬于中國清朝藩屬國浩罕汗國。

1864年10月7日，俄國強(qiáng)迫清政府簽訂《中俄勘分西北邊記》強(qiáng)行割讓新疆西部44萬平方公里領(lǐng)土，其中就包括原來的中國領(lǐng)土，現(xiàn)今吉爾吉斯斯坦的大部分土地，1876年被沙俄強(qiáng)占；1876年清朝藩屬國浩罕汗國被沙俄吞并，至此，原來的中國領(lǐng)土、吉爾吉斯全部土地被沙皇俄國吞并。

1917年11月—1918年6月建立蘇維埃政權(quán)。根據(jù)中亞民族國家的劃分，1924年10月14日成為俄羅斯聯(lián)邦的一個(gè)自治州，名為卡拉－吉爾吉斯自治州。1925年5月25日稱吉爾吉斯自治州。1926年2月1日改為吉爾吉斯蘇維埃社會主義自治共和國。1936年12月5日成立吉爾吉斯蘇維埃社會主義共和國，加入蘇聯(lián)。1991年8月31日通過國家獨(dú)立宣言，宣布獨(dú)立，改國名為吉爾吉斯共和國，并于同年12月21日加入獨(dú)聯(lián)體。

2015年8月12日，吉爾吉斯斯坦正式加入歐亞經(jīng)濟(jì)聯(lián)盟。-

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