滿洲八旗的旗主都由愛新覺羅氏掌握。具體來說，就是由努爾哈赤和其弟舒爾哈齊的后裔來掌控。有些人特意強調，八旗分為滿蒙漢，總計二十四旗。但蒙八旗和漢八旗是沒有獨立旗主的，蒙漢八旗也歸滿旗旗主進行統(tǒng)領。
至于八旗旗主具體是怎么更迭的，這就很復雜了，需要詳細的介紹。
兩旗時代
最早的八旗制度，沒有后來那么復雜，只有旗主和佐領兩級。并且也沒有八個旗，只有一個旗。
努爾哈赤起兵后，先建立了一旗部隊，旗色不清楚，有可能是黑色旗。
后來他消滅了鄰近的一大批部落，組成一支新旗，旗色也不太清楚，可能是紅色旗。
于是，努爾哈赤就將自己原有的黑旗交給了親弟弟舒爾哈齊，然后他自己統(tǒng)帥新建紅旗。后來改紅旗為黃旗。
于是，最早的八旗雛形就出現(xiàn)了。一共只有兩個旗，兩個旗主，即清太祖努爾哈赤和他的同母弟舒爾哈齊。兩人在當時被時人并稱為“二酋”。
根據(jù)《滿文老檔》的記載，努爾哈赤和舒爾哈齊各自統(tǒng)領的屬人、阿哈是一樣多的。這兩個旗的旗色沒有準確的記載，但是按照推斷，努爾哈赤的旗色應該是黃旗。而舒爾哈齊的旗色應該是黑色，后改為藍色。（據(jù)說是由于黑旗在夜間不便區(qū)分，于是就改作了藍旗。具體什么時期由黑旗變改為藍旗，有待考證）
三旗時代
萬歷二十九年（公元1601年），努爾哈赤征服了海西女真四部之一的哈達部。他把哈達部的人丁編為一個旗，讓自己的長子褚英和哈達部的首領吳爾古代（哈達納拉氏）共同管理。這個哈達部的旗，旗色為白色。這便是正白旗的由來。
不久后，褚英廢除吳爾古代的首領地位，他自己獨自成為旗主。同時，舒爾哈齊的正藍旗得到了進一步擴充，這些藍旗新歸附的人丁，被封給了太祖的次子代善。所以這一時期，代善是正藍旗里的“小旗主”。
這個時期的三旗旗主分別是：
正黃旗——努爾哈赤；
正藍旗——舒爾哈齊，代善（小旗主）；
正白旗——褚英；
四旗時代
萬歷三十七年（公元1609年），正藍旗旗主舒爾哈齊被努爾哈赤幽禁。正藍旗的格局就因此發(fā)生了變化。
注意了，下面的內容很重要。
在正藍旗中，原屬于舒爾哈齊的佐領，一多半被舒爾哈齊的次子阿敏繼承。
剩下的原屬舒爾哈齊，但沒有劃歸給阿敏的佐領，則劃歸到了代善的名下。
代善之前在正藍旗中的原班人馬，加上新劃給他的人馬，一起脫離出正藍旗，獨立為一個新旗，旗色為紅旗。后來屹立二十多年不倒的正紅旗也就是這么來的。
正紅旗成立后，也就有了四旗。這個時候的四旗旗主分別是：
正黃旗——努爾哈赤；
正藍旗——阿敏；
正白旗——褚英；
正紅旗——代善；
萬歷四十二年（公元1611年），努爾哈赤將自己的長子、正白旗的旗主褚英幽禁，所以正白旗也發(fā)生了變化。
正白旗大部分佐領被封給了皇太極。而剩下的一部分佐領，被褚英的長子杜度繼承。于是皇太極就成了正白旗的旗主，而杜度則是正白旗的“小旗主”。
這個時候的四旗旗主分別是：
正黃旗——努爾哈赤；
正藍旗——阿敏；
正紅旗——代善；
正白旗——皇太極，杜度（小旗主）；
八旗時代
萬歷四十三年（公元1615年），努爾哈赤下令將四旗擴充為八旗。他自己的黃旗分為正黃、鑲黃兩旗，均由他親自統(tǒng)領。
代善的紅旗，也分成正紅、鑲紅兩旗，由代善和代善的兒子們統(tǒng)領（代善的兒子岳托和碩托均是鑲紅旗的小旗主）。
原藍旗的旗主阿敏，成為鑲藍旗旗主，屬人沒有變化。
正藍旗的旗主則由努爾哈赤的第五子莽古爾泰擔任。另外，莽古爾泰的親弟弟德格類擔任小旗主。
正白旗旗主不變，仍由皇太極擔任。
鑲白旗旗主由原正白旗小旗主杜度擔任，同時努爾哈赤把自己的第七子阿巴泰也塞進了鑲白旗，與杜度共同組成了鑲白旗（阿巴泰是小旗主）。
這里額外插一句，當時的八旗的旗子，應該是沒有圖案的，也就是一面只有顏色的旗幟。四鑲旗是在旗子中間加一條龍。我們今天看到的這種八旗旗子的樣式，是公元1622年之后才確定的樣式。
這個時期的八旗旗主分別是：
兩黃旗——努爾哈赤；
兩紅旗——代善，岳托、碩托（小旗主）；
正白旗——皇太極；
鑲白旗——杜度，阿巴泰（小旗主）；
正藍旗——莽古爾泰，德格類（小旗主）；
鑲藍旗——阿敏；
努爾哈赤晚期的八旗變動
后金天命八年（公元1623年），努爾哈赤按照女真人“嫡長子繼承皇位，嫡幼子繼承財產(chǎn)”的傳統(tǒng)。將自己的三個嫡幼子：18歲的阿濟格、11歲的多爾袞、9歲的多鐸，納入自己親自統(tǒng)領的兩黃旗，并將兩黃旗拆分，分別封給他們，使他們成為小旗主。
當時努爾哈赤的兩黃旗一共有60個佐領，他把正黃旗的15個佐領封給阿濟格，另外15個佐領封給多爾袞。再從鑲黃旗分出15個佐領封給幼子多鐸，剩下的15個鑲黃旗佐領由他親自統(tǒng)領。
然后努爾哈赤立下遺囑，等他去世后，他自己統(tǒng)領的15個鑲黃旗佐領，也交給多鐸繼承。相當于就是說，阿濟格為正黃旗旗主，多鐸為鑲黃旗旗主；多爾袞沒有位置，于是努爾哈赤把鑲白旗旗主杜度調到鑲紅旗，好讓多爾袞繼承鑲白旗。
結果這次調動還沒有完成，努爾哈赤就突然死了�；侍珮O瞅準機會，迅速讓兒子豪格搶占了沒有旗主的鑲白旗。這一下，皇太極父子就搶到了兩白旗。
這里額外插一句，這次分封后，由于正黃旗分給了阿濟格和多爾袞，鑲黃旗成了努爾哈赤唯一親領的旗。因此鑲黃旗就變成了八旗的頭旗。很多人經(jīng)常問，八旗之首是哪個旗？看到這里應該就知道了——是鑲黃旗。
皇太極時期的八旗變動
努爾哈赤死后，皇太極繼位。這位新任大汗是個狠角色，為了打壓不服他的人，皇太極對八旗進行了三次大的調整。
第一次調整——兩黃旗和兩白旗互換。
這次調旗很簡單，就是皇太極的正白旗、豪格的鑲白旗和阿濟格、多爾袞、多鐸的兩黃旗對調。因為皇太極是后金大汗，他認為黃旗只有大汗才配使用。所以，繼承了汗位的皇太極就逼著多爾袞三兄弟與自己對調了旗色，以彰顯自己的“正統(tǒng)性”。
需要說明的是，這次調整只換旗色，也就是兩白旗換兩黃旗，服裝顏色對調；兩黃旗換兩白旗，服裝顏色對調。而旗主之下的附屬人員沒有進行變動。
第二次調整——鑲藍旗旗主換人。
永平之戰(zhàn)后，阿敏（舒爾哈齊的次子）逃回關外，皇太極借此機會整肅阿敏。他召集眾大臣及貝勒，給阿敏定了議十六項大罪。最后處理結果是：削去阿敏的旗主之位，并將其圈禁在家。其所屬鑲藍旗則賞給跟皇太極穿一條褲子的堂弟濟爾哈朗。
由于濟爾哈朗也是舒爾哈齊的兒子，這次換旗主，鑲藍旗沒什么異動。
第三次調整——兩黃旗和正藍旗的混編。
后金天聰六年（公元1632年），正藍旗的旗主莽古爾泰病逝，正藍旗的旗主由原先正藍旗小旗主莽德格類繼承，而莽古爾泰的佐領也由莽古爾泰的兒子繼承（小旗主）。
后金天聰九年（公元1635年），正藍旗的旗主德格類病死，同年有人告發(fā)莽古爾泰、德格類一門謀反�；侍珮O趁此機會將莽古爾泰和德格類一門剝奪旗權，順便將正藍旗沒收為己。于是正藍旗就被皇太極給吞并了。
吞并正藍旗后，皇太極將原正藍旗的八個佐領封給兒子豪格，又拿出三個封給鑲黃旗小旗主阿巴泰，加強了原鑲黃旗的實力。同時也削弱了正藍旗的凝聚力。
沒過多久，皇太極將正黃旗的一半與正藍旗的一半進行捏合，組成新的正黃旗。將正黃旗和正藍旗剩下的一半捏合，組成新的鑲黃旗，都由皇太極親自統(tǒng)領。
鑲黃旗歸皇太極后，原鑲黃旗旗主豪格帶著自己的佐領改為正藍旗，成為正藍旗的旗主。原鑲黃旗的小旗主阿巴泰，也同樣成為了新正藍旗的小旗主。
這次調整之后，八旗旗主如下：
兩黃旗——皇太極；
正藍旗——豪格，阿巴泰（小旗主）；
鑲藍旗——濟爾哈朗；
以上四旗是皇太極的嫡系人馬
正紅旗——代善；
鑲紅旗——岳托，碩托（小旗主）；
兩紅旗在代善的統(tǒng)領下，保持中立。
正白旗——多鐸；
鑲白旗——阿濟格，多爾袞；
兩白旗與皇太極暗中較勁
多爾袞時期的八旗變動
皇太極死后，多爾袞掌權。他和皇太極是一丘之貉，掌權之后也是大肆吞并其它旗。具體的調整有兩次。
第一次調整——兩白旗混編。
大清崇德八年（公元1643年）八月，皇太極突然去世。他去世之后兩個月。多爾袞仗著自己有權有勢，趁機沒收了親弟弟多鐸在正白旗的15個佐領。
多爾袞手上本身就有15個佐領，沒收多鐸的15個佐領后，多爾袞就具有了30個佐領，即一個整旗的實力。
之后多爾袞的將自己所領鑲白旗的與多鐸的正白旗進行對調，自己成為正白旗旗主，而原屬正白旗的多鐸，則換色為鑲白。
本身就在原鑲白旗的阿濟格并沒有參與此次換旗。多鐸換到鑲白旗后，他是旗主，阿濟格變成了鑲白旗的小旗主。
第二次調整——兩白旗與正藍旗混編。
爭儲事件后，多爾袞和豪格結了梁子。為了搞死豪格，多爾袞下了大力氣。大清順治五年二月（公元1648年），多爾袞將豪格打下大獄，沒收了他的正藍旗。（還搶了豪格的小老婆）
豪格的正藍旗被沒收后，多爾袞沒有上交給順治皇帝，而是被他以“俟歸政，然后隸于上”的名義私吞了。
順治六年（公元1649年），鑲白旗旗主多鐸病逝。多爾袞便將兩白旗和正藍旗一起混編。原本屬于豪格的正藍旗佐領和原本屬于多鐸、阿濟格的鑲白旗佐領對調。
對調之后，新的鑲白旗沒有旗主，多爾袞當仁不讓的自領鑲白旗旗主，加上正白旗，他就成為了兩白旗的旗主。
而新的正藍旗則由原鑲白旗的阿濟格、多鐸的次子多尼、阿巴泰第三子博洛、阿巴泰第四子岳東四人共同管理。這四個人中，多尼名下的佐領數(shù)量最多，所以他是旗主，另外三人是小旗主。
另外，正紅旗旗主代善于同年病死。他的兒子鑲紅旗旗主碩托在三年前被處死（岳托死后碩托繼任）。因此兩紅旗的旗主也都換了人。正紅旗旗主為滿達海（代善兒子）、鑲紅旗旗主為羅科鐸（岳托孫子）。
這一系列震動之后，八旗旗主如下：
兩黃旗——順治帝；
兩白旗——多爾袞；
正紅旗——滿達海，勒克德渾（小旗主）；
鑲紅旗——羅科鐸，尼堪、碩塞（小旗主）；
正藍旗——多尼，阿濟格等人（小旗主）；
鑲藍旗——濟爾哈朗；
八旗旗主的最終確定
經(jīng)過努爾哈赤、皇太極、多爾袞歷經(jīng)二十幾年的調整，此時的八旗已經(jīng)面目全非，跟最早的時候，完全不是一回事了。
比如正白旗旗主原本是褚英，結果褚英被努爾哈赤弄死，正白旗的人馬交給了皇太極和褚英的兒子杜度繼承。到了八旗建立時，杜度調任鑲白旗，褚英當年的人馬就變成了鑲白旗。后來努爾哈赤為了給多爾袞挪位，把杜度挪到了鑲紅旗，褚英一系的人馬又調到了鑲紅旗。這變來變去的，八旗早已經(jīng)不是當年的八旗了。
多爾袞死后，順治皇帝秋后算賬，又對八旗做了一次大的調動。
第一步，他先是把多爾袞的兩白旗沒收。正白旗整旗被順治皇帝收走，同順治親自掌控的兩黃旗一起變成了所謂的“上三旗”。
第二步，將鑲白旗，也就是原屬于正藍旗豪格的佐領，交給了給了自己的侄子，豪格的兒子富綬。
第三步，順治因怒遷恨，對多爾袞的親哥哥阿濟格下了死手。把他奪爵治罪，他所屬的佐領分別撥入了正白、鑲白、正藍三旗。
自此也就有了上三旗和下五旗的說法。其中上三旗由皇帝直接統(tǒng)領，下五旗由豪格、濟爾哈朗、代善、阿巴泰、多鐸、褚英等人的后裔統(tǒng)領。
具體來說，如下：
正黃旗、鑲黃旗、正白旗——皇帝統(tǒng)領；
鑲白旗——豪格后裔統(tǒng)領。豪格是努爾哈赤之孫，皇太極長子；
正紅旗——代善后裔統(tǒng)領。代善是努爾哈赤的次子；
鑲紅旗——岳托、碩塞、褚英后裔統(tǒng)領。其中岳托是代善的兒子，努爾哈赤之孫；碩塞是皇太極的兒子，努爾哈赤之孫；褚英是努爾哈赤的長子，代善和皇太極的大哥。
正藍旗——阿巴泰、多鐸后裔統(tǒng)領。阿巴泰是努爾哈赤的第七子，皇太極的哥哥；多鐸是努爾哈赤的嫡幼子，皇太極的弟弟。
鑲藍旗——濟爾哈朗后裔統(tǒng)領。濟爾哈朗是舒爾哈齊的第六子，努爾哈赤的侄子，皇太極的堂弟。
康熙繼位后，為了進一步的削弱諸王對下五旗的掌控。他大力推行了皇太極時期開創(chuàng)的都統(tǒng)制度，讓都統(tǒng)取代旗主。因為都統(tǒng)是朝廷委派的流動官員，沒有世襲權利。于是原本屬于各旗旗主的旗權，在康熙時期就基本讓都統(tǒng)給奪去了。（都統(tǒng)可以讓非宗室的人擔任，屬于從一品）
然后，康熙又將皇子分封到下五旗，去下五旗做小旗主，繼續(xù)分化下五旗。比如雍正就當過鑲白旗的小旗主。雍正繼位之后，他兒子洪晝還當過正藍旗的大旗主。此政策一直延續(xù)到了道光皇帝時期，才算是把八旗完全控制在了皇帝的手中。
總結：清初時期，旗主對本旗的影響力是非常大的。為了鞏固皇權，從皇太極開始，清代皇帝就開始分化旗主們的旗權。在乾隆皇帝的中晚期，旗主已經(jīng)名存實亡。到了道光時期，已經(jīng)沒有所謂的旗主了。
至于什么人才能擔任旗主，一句話可以對這個問題進行總結——只有努爾哈赤和舒爾哈齊的后裔才能擔任旗主。這兩群人全部都是擁有系黃帶子特權的皇室宗親。
