京師失陷后，李自成大順政權(quán)占據(jù)陜西甘肅以東、淮河以北、河南山東等地，張獻(xiàn)忠占據(jù)四川及鄂西，清朝占據(jù)關(guān)外及漠南蒙古。而長江中下游及淮河以南、兩廣浙閩的廣大區(qū)域，依舊控制在殘存的明朝南方勢力手中。于是，留都南京的明朝勛臣及文武官員決定擁立之前為躲避戰(zhàn)亂而輾轉(zhuǎn)于南方的明宗室近支成員，以延續(xù)國祚，并對抗李自成、張獻(xiàn)忠起義軍和關(guān)外的清軍。
當(dāng)年太祖皇帝朱元璋曾經(jīng)擬定過皇室行為準(zhǔn)則和承襲制度的規(guī)范標(biāo)準(zhǔn)——《皇明祖訓(xùn)》，其中對于帝位大統(tǒng)承襲有著“有嫡立嫡、無嫡立長”的規(guī)定，而當(dāng)時(shí)神宗之后的直系繼承人——光宗、熹宗、崇禎帝一系已經(jīng)全部斷絕（熹宗絕嗣，崇禎帝雖然有三個(gè)兒子，但是都失陷在北方地亂世中，生死不知，無法作為嫡子來南京承襲皇位）。所以南方的皇位只能從神宗其他兒子中去選擇。
神宗的長子光宗一系已經(jīng)斷絕，次子朱常溆早夭，那么按照《皇明祖訓(xùn)》的規(guī)范，自當(dāng)立神宗第三子福王朱常洵或者他的后人。朱常洵已經(jīng)在崇禎崇禎十四年（1641年）正月在洛陽被李自成起義軍處死，福世子朱由崧幸而逃脫，奔往懷慶府（河南沁陽）避難。崇禎十六年（1643年）五月，崇禎帝下詔，由朱由崧襲封福王。
崇禎十七年（1644年）正月，李自成于西安登基稱帝，并親率大軍東征京師，意欲一舉消滅明朝中樞政權(quán)。同時(shí)，他遣偏師向河南等地進(jìn)攻，以策應(yīng)主力進(jìn)攻京師。懷慶府首當(dāng)其沖，遭到農(nóng)民軍的進(jìn)攻。避難于此地的朱由崧心驚膽戰(zhàn)，只能繼續(xù)逃亡，投奔就藩于衛(wèi)輝府（河南衛(wèi)輝）的堂叔潞王朱常淓。三月初四，衛(wèi)輝也傳來農(nóng)民軍進(jìn)攻的警迅，朱常淓、朱由崧叔侄不敢久留，拋棄封國，往淮安府逃亡。三月十八日朱由崧抵達(dá)淮安，暫居在本地官員杜光紹的宅邸中。
三月二十九，農(nóng)民軍攻陷北京、崇禎帝在煤山自縊的驚天消息傳到淮安。避難于此的朱由崧等宗室張皇失措、一時(shí)間不知如何是好。幸好此時(shí)留都南京及南方兩淮、江浙、湖廣、閩粵、云貴等地依舊在明朝南方官員的控制之下，逃難的宗室們尚未有衣食之憂。四月初，南京留守諸臣都認(rèn)為國家不可一日無君，所以開始商議擁立新主，以穩(wěn)定南方人心。但各派勢力之間對帝位歸屬意見不一，相互抵制，多次論戰(zhàn)，也不能決定最終的人選。
按照太祖在開國之初所設(shè)立的《皇明祖訓(xùn)》規(guī)定：兄終弟及、父死子繼，有嫡立嫡、無嫡立長按此順序，因光宗、熹宗、崇禎帝一系已經(jīng)斷絕（崇禎帝皇子皆失陷在北方，無法繼位），所以此時(shí)皇位的第一人選應(yīng)當(dāng)為神宗在世最長的孫子福王朱由崧。
但掌握了南京部分權(quán)力的東林黨錢謙益、呂大器、高弘圖等人由于在之前萬歷年間的“國本之爭”事件中，和福恭王（即朱由崧之父朱常洵）有過尖銳矛盾，導(dǎo)致對福藩一系一直心存芥蒂，同時(shí)也怕福王朱由崧登基后會因?yàn)楫?dāng)年的“爭儲”事件而報(bào)復(fù)東林黨眾，于是改變當(dāng)年“國本之爭”中的“立嫡立長”原則，違心地提出“立賢”立場，想借機(jī)擁立神宗之弟潞簡王朱翊镠之子潞王朱常淓為新君。
諷刺的是，當(dāng)年東林黨的前輩們，正是堅(jiān)決反對神宗“立賢”、抵制了皇帝想越過長子改立第三子的企圖，以“有嫡立嫡、無嫡立長”的祖訓(xùn)，對抗神宗近二十年，最終迫使神宗放棄易儲主張，立長子朱常洛為儲君。想不到三十年后，這些東林后輩們，為了自身的利益，和黨爭的成敗，居然自己打臉，推翻前輩們的努力，堂而皇之地改變立場，其政治節(jié)操可見一斑。
而此時(shí)南京諸臣中權(quán)力最大的南京兵部尚書、同屬東林黨人的史可法到底節(jié)操稍高，做不出自打耳光的事情，但是他也不想擁立和自己這一黨有過節(jié)的福藩宗室，于是提出既立賢、也立親，不選擇福王，也不選擇潞王，而是以神宗第七子桂王朱常瀛為新君，這樣勉強(qiáng)可以平息各方意見。但是他一個(gè)人無法改變大大局，南京城中各方勢力吵鬧了一個(gè)月，也沒有最終確定新君人選。而此時(shí)北方的局勢再起變化：進(jìn)京的李自成在討伐占據(jù)山海關(guān)、據(jù)不投降的寧遠(yuǎn)團(tuán)練總兵吳三桂時(shí)，被暗中向清軍求援的吳三桂聯(lián)合入關(guān)清軍擊敗于一片石，慘敗回京，清軍奪取了北方主動權(quán)，即將大舉入關(guān)。
在這種嚴(yán)峻局面下，朱由崧決定先下手為強(qiáng)，他秘密聯(lián)絡(luò)原總督京營太監(jiān)、現(xiàn)鳳陽守備太監(jiān)盧九德（原先服侍過福恭王朱常洵），并通過他向駐守江北的三鎮(zhèn)武將求助（徐州高杰、滁州黃得功、壽州劉良佐）。三鎮(zhèn)武將囿于可以立下“定策從龍”的大功，于是立即同意了福王的主動求援請求，甩開他們名義上的統(tǒng)帥——鳳陽總督馬士英，決定出兵以武力支持福王赴南京登基，自己也好以此功成為定策元勛。
福王主動拉攏武將、意欲武力登基的消息傳到南京后，正在和史可法討價(jià)還價(jià)的馬士英立即做出了選擇，以文臣的身份第一個(gè)向福王輸誠，表明愿意支持福王繼位。隨即馬士英通知江北最后一鎮(zhèn)武將：淮安劉澤清，讓他率大軍護(hù)送暫居淮安的福王朱由崧來南京。南京各方勢力沒有料到福王主動出擊、拉攏了江北四鎮(zhèn)武將及鳳陽總督、守備太監(jiān)，一舉確立了繼位優(yōu)勢。大勢所趨之下，錢謙益、史可法等東林黨人也只好滿心不甘地接受福王即將登基這個(gè)現(xiàn)實(shí)。
崇禎十七年（1644年）四月二十六，南京文武官員議定：以福王繼統(tǒng)，然后將結(jié)果祭告太廟。得到消息的鳳陽總督馬士英當(dāng)即率江北四鎮(zhèn)黃得功、高杰、劉良佐、劉澤清將福王朱由崧從淮安接到軍中，連夜南下。四月二十七，福王抵達(dá)儀征，南京禮部官員提前等候于此，舉行儀式迎接福王。.四月二十八，福王朱由崧到達(dá)浦口，勛臣魏國公徐弘基等人渡江迎駕。.五月初一，福王朱拜謁孝陵、懿文太子陵，隨后經(jīng)朝陽門入南京。五月初三，福王自大明門入皇宮，至武英殿行監(jiān)國禮。就在這一天，北方的吳三桂引清攝政王多爾袞并清軍進(jìn)入京師。
崇禎十七年（1644年）五月十五，福王朱由崧正式即皇帝位，以明年為弘光元年，依舊用“大明”為國號，這就是南明的開端。朱由崧即南明第一代皇帝——弘光帝。
弘光帝是依靠江北四鎮(zhèn)武將的支持即位的，所以成為皇帝后對于支持自己的四鎮(zhèn)大肆封賞、極度籠絡(luò)。而諸鎮(zhèn)則自以為“天子恩人”、“從龍?jiān)獎住�，各自飛揚(yáng)跋扈、割據(jù)地方，南明地方官員無法控制他們的軍隊(duì)，武將勢力自此開始尾大不掉，軍閥自立的局面逐漸形成。
而掌握中樞朝廷實(shí)權(quán)的馬士英等則利用弘光帝的信任，使用手中的權(quán)力，謀取私利、打擊政敵，東林黨人則不甘就此落敗，時(shí)刻策劃攻擊馬士英等人。自崇禎十七年底至弘光元年三月，南明朝廷先后發(fā)生“大悲案”、“南太子案”、“童妃案”，這些都是弘光朝內(nèi)部為了打擊政敵、奪取權(quán)力的內(nèi)部爭斗，連續(xù)發(fā)生的內(nèi)斗使得弘光朝的凝聚力嚴(yán)重削弱、君臣離心離德、為將來的覆亡埋下了伏筆。
南明弘光元年、清順治元年（1645年）三月，因?yàn)椤澳咸影浮敝械囊稍泼懿�、及朝堂�?nèi)斗，駐守武昌的南明寧南侯左良玉受人說動，自稱奉“太子密詔”，從武昌順流而下，號稱“救太子、誅奸臣”，威逼南京。弘光帝則抽調(diào)江北四鎮(zhèn)兵力抵御，導(dǎo)致淮河沿岸兵力不足。清軍則抓住南明防守空虛的機(jī)會南下，不到一個(gè)月，清軍連續(xù)攻破徐州、歸德、潁州、太和、泗州等地，渡過淮河，兵臨揚(yáng)州。四月二十五，清軍擊敗駐守?fù)P州的南明兵部尚書史可法，攻破揚(yáng)州，揚(yáng)州百姓死難八十萬，史稱“揚(yáng)州十日”。隨后清軍渡過長江，攻克京口、鎮(zhèn)江。五月初十，一籌莫展的弘光帝棄守南京，出奔蕪湖，投奔守將靖國公黃得功。
南明弘光元年、清順治二年（1645年）五月二十二，黃得功在與清軍作戰(zhàn)時(shí)受重傷，不愿投降而自刎而死。弘光帝被黃得功的手下總兵田雄、馬得功劫持，并獻(xiàn)給追擊而至的清兵。
至此。在位不過一年的弘光帝被清軍擒獲，失去了皇位。九月，弘光帝被押至北京，安置居住。
南明隆武二年、清順治三年（1646年）四月初九，清攝政王多爾袞得到密報(bào)，稱故明衡王、荊王在京居住期間想起兵反清，于是下令將俘獲的故明宗室一律處死。五月，弘光帝朱由崧與潞王朱常淓、荊王朱慈煃、德王朱由櫟、衡王朱由棷以及“南太子”王之明等十七人被清軍斬首于菜市口，年四十歲。朱由崧被殺后，其妃黃氏之弟黃鹽梅收斂其遺體，安葬于河南孟津縣東山頭村，與黃妃合葬。
南明永歷十一年、清順治十四年（1657年）四月，南明最后一任皇帝永歷帝朱由榔給堂兄上廟號安宗，謚號奉天遵道寬和靜穆修文布武溫恭仁孝簡皇帝。朱由崧身后總算得到了一定的皇帝待遇。
南明弘光元年、清順治二年（1645年）六月，弘光帝被俘后，潞王朱常淓在群臣擁戴下于杭州監(jiān)國，不過短短六天后，清軍抵達(dá)杭州，朱常淓不做抵抗，開城投降。九月間與弘光帝一同被押往北京。
南明弘光元年、清順治二年（1645年）六月，在弘光帝被俘、潞監(jiān)國投降的局面下，明唐藩宗室、前唐王朱聿鍵在大臣南安伯鄭芝龍、巡撫都御史張肯堂、禮部尚書黃道周等的擁戴下，于福州即皇帝位，改當(dāng)年為隆武元年，這就是南明第二代皇帝——隆武帝。
隆武帝登基后給已被清軍俘獲的弘光帝朱由崧上尊號為圣安皇帝，以此證明自己繼位的合法性。但是在弘光帝被俘后，明魯藩宗室、魯王朱以海也被鄭遵謙、張國維等大臣擁立為監(jiān)國，繼立于紹興府。隆武帝和魯監(jiān)國兩方之間一直為誰才是大明正統(tǒng)而爭論不休、互相攻訐，這就造成了南明政權(quán)內(nèi)訌持續(xù)加重。
隆武帝朱聿鍵是明太祖第九世孫、太祖第二十三子唐定王朱桱的后裔，論輩分是崇禎帝朱由檢、弘光帝朱由崧的祖父輩，和大明帝系血緣關(guān)系非常遙遠(yuǎn)，如果在太平時(shí)節(jié)，根本不會有繼位的可能。在他小的時(shí)候，因?yàn)楦赣H唐世子朱器墭不受祖父唐端王朱碩熿的喜愛，導(dǎo)致父子皆被唐端王朱碩熿囚禁在王府承奉司長達(dá)十六年時(shí)間，期間幾乎餓死。在此期間，朱聿鍵沒有沉淪，而是埋頭苦讀，鉆研儒家典籍，一點(diǎn)也沒有虛度光陰。崇禎二年（1629年），唐端王病重，唐世子朱器墭有望繼位，但是被覬覦儲位的庶弟們暗中毒死，唐端王竟然不加追究，還想乘勢立毒死兄長的庶子福山王朱器塽為嗣。
幸好唐藩所在的南陽地方官員陳奇瑜上門吊唁唐世子時(shí)發(fā)現(xiàn)事情蹊蹺，于是警告唐端王，說世子死因不明，現(xiàn)在又要貿(mào)然改變承襲人選，一旦朝廷追究下來，唐藩必將遭受嚴(yán)懲。唐端王本來已經(jīng)病入膏肓，時(shí)日無多，又害怕朝廷真的怪罪，于是放棄更立世子，而是將世子的長子、二十八歲的朱聿鍵立為“世孫”，作為唐藩繼承人。當(dāng)年，唐端王朱碩熿薨逝，唐世孫朱聿鍵在三年守孝欺瞞后，于崇禎五年（1632年）正式繼任唐王。
朱聿鍵就任唐王后，因?yàn)樯倌陼r(shí)的坎坷歷程、以及多年的研習(xí)典籍，對于天下局勢和民間疾苦十分了解，他沒有和其他宗室藩王那樣驕奢享樂、縱情聲色，而是延請四方名士、豪杰到唐王府內(nèi)，和他們一起研修儒學(xué)、探討局勢，又主動拿出唐藩祿米錢糧，用于修筑南陽城池，救濟(jì)當(dāng)?shù)貫?zāi)民，在當(dāng)時(shí)的宗藩中表現(xiàn)稱得上鶴立雞群，但同時(shí)也過于鋒芒畢露，遭到了朝廷和崇禎帝的猜忌。
崇禎九年（1636年）八月，清軍第三次破關(guān)入明，在北直隸等地四處攻伐，崇禎帝下詔調(diào)遣天下文武勤王，但這里面不包括宗室藩王。
憂心國事的唐王朱聿鍵報(bào)國心切，主動上疏請求領(lǐng)兵勤王，崇禎帝自然不許。但朱聿鍵滿心熱血，竟然不顧自成祖以來“藩王不掌兵”的祖訓(xùn)，擅自在南陽招募軍士，組成唐藩護(hù)軍，共計(jì)數(shù)千人，然后北上勤王。唐王出兵的消息傳到京師后，滿朝震驚，崇禎帝大怒，嚴(yán)令其返回封地。朱聿鍵只得奉詔南返。
崇禎九年（1636年）十一月，清軍北返出關(guān)，暫時(shí)消除了清軍威脅的崇禎帝得以騰出手來處理私自出兵、違反祖制的唐王朱聿鍵。經(jīng)過朝議，崇禎帝下詔廢黜朱聿鍵為庶人，發(fā)封鳳陽高墻關(guān)押，唐藩爵位由其弟朱聿鏼承襲。
自崇禎九年至崇禎十七年，朱聿鍵被關(guān)押在鳳陽八年，飽受監(jiān)守太監(jiān)欺凌，幾乎被折磨致死，后來在鳳陽巡撫路振飛的關(guān)照下，才稍稍得以改變處境。崇禎十六年（1643年），南陽被農(nóng)民起義軍攻克，唐王朱聿鏼及大批唐藩宗室被殺，朱聿鍵的兩個(gè)弟弟朱聿鐭、朱聿鍔乘亂逃出，流亡于南直隸。
崇禎十七年（1644年）五月，崇禎帝在京師自縊殉國后，弘光帝被江南群臣擁立為新帝，承襲大統(tǒng)。在封鳳陽高墻的朱聿鍵則在廣昌伯劉良佐（四鎮(zhèn)之一，駐守鳳陽）的奏請下，開釋出監(jiān)，并復(fù)封為南陽王，遷往廣西平樂府（桂林南）居住。不過朱聿鍵有病且無所積蓄，不能立即前行。
南明弘光元年、清順治二年（1645年）六月，就在朱聿鍵啟程前往平樂府途中時(shí)，清軍南下，弘光帝倉惶出逃，然后被俘，監(jiān)國于杭州的潞王朱常淓也隨后投降，南明一時(shí)無主，且世宗以下皇室近支宗室基本全部斷絕（僅存神宗第七子桂王朱常瀛及諸子，但是遠(yuǎn)在廣西，不能前來繼位）。于是，在福建地方實(shí)力派南安伯鄭芝龍、禮部尚書黃道周、都御史張肯堂等人的擁戴下，屬于宗室遠(yuǎn)支的朱聿鍵被擁戴為新帝，于閏六月二十七繼位于福州，并改弘光元年七月初一以后為隆武元年。這一年，隆武帝朱聿鍵已經(jīng)四十三歲了，而他之前兩次被囚禁的時(shí)間加起來，超過了二十四年。
隆武帝繼位后，很有平復(fù)天下的決心，也一心恢復(fù)社稷，為此他大力采取整軍措施、并消除黨爭、整頓吏治，以求積蓄力量，出兵北伐，匡復(fù)大明。史料也稱隆武帝“積極進(jìn)取、銳意恢復(fù)、頗有中興之主氣概”。但是隆武朝廷實(shí)際權(quán)力統(tǒng)統(tǒng)掌握在以鄭芝龍為首的鄭氏集團(tuán)手中，隆武帝本人雖然英明睿智，但是無兵無權(quán)，只是鄭氏所供奉的一個(gè)的政治牌位而已、形同傀儡。隆武政權(quán)也要面對內(nèi)部魯監(jiān)國的內(nèi)斗、外部清軍的壓力、及鄭氏集團(tuán)和其他官員鄂爭權(quán)奪利斗爭，南明內(nèi)訌的傳統(tǒng)在隆武政權(quán)內(nèi)部絲毫沒有減輕跡象。
南明隆武二年、清順治三年（1646年），清軍趁魯監(jiān)國和隆武帝之間內(nèi)訌的機(jī)會，于五月間出兵南侵，首先擊敗魯監(jiān)國軍隊(duì)，迫使魯王棄守紹興，躲避于舟山。然后大軍直撲福建而來，另外分兵攻取江西，準(zhǔn)備截?cái)喔＝ê蛢?nèi)陸地區(qū)的聯(lián)系。隆武帝詔令大學(xué)士黃道周外出募兵，抵抗清軍，但是鄭芝龍等不予援助，導(dǎo)致黃道周所部孤軍迎戰(zhàn)清軍，被清軍擊敗，黃道周被俘后寧死不降，在押送南京后不屈殉國。
隆武帝在清軍即將來襲的危急時(shí)刻，決心就此擺脫鄭芝龍集團(tuán)的控制，逃離福建。鄭芝龍見隆武帝即將不受自己控制，于是密令福建北部駐守軍隊(duì)放棄防守，撤回南方老巢安平鎮(zhèn)（晉江安海鎮(zhèn)），清軍得以從仙霞關(guān)、分水關(guān)等地侵入福建，直逼福州。隆武帝聞訊后，從福州抵達(dá)延平（福建南平），準(zhǔn)備離開福建，經(jīng)江西前往湖廣。
南明隆武二年、清順治三年（1646年）八月二十一，在延平的隆武帝被清軍李成棟部追擊，急忙離開延平，前往汀州（福建長�。�。八月二十八，隆武帝一行抵達(dá)汀州，在城外關(guān)帝廟休息時(shí)，清兵追至，護(hù)衛(wèi)將軍周之藩、熊緯等奮力斷后，隆武帝及其家眷等才能逃脫，周之藩、熊緯等人隨后戰(zhàn)死。
而隆武帝剛剛?cè)胪≈莩恰壕佑诟弥畷r(shí)，清軍又尾隨而來，直入無人防守的汀州城，最終在府衙之中追上隆武帝，將其與皇后曾氏、皇太子朱琳源三人全部殺害（也有說法是隆武帝被俘，然后絕食而死）。
南明永歷十一年、清順治十四年（1657年），隆武帝的遠(yuǎn)房族孫永歷帝朱由榔為其上謚號為配天至道弘毅肅穆思文烈武敏仁廣孝襄皇帝，廟號紹宗。
作為南明最有恢復(fù)之心、最有作為的皇帝，隆武帝自即位至被害，在位一年另兩個(gè)月，時(shí)年四十四歲。他的一生，確實(shí)是悲催而生不逢時(shí)。
南明隆武二年、清順治三年（1646年）十月，隆武帝在汀州被害已經(jīng)兩個(gè)月，隆武政權(quán)也基本覆滅。國不可一日無君，在兩廣總督丁魁楚、廣西巡撫瞿式耜、廣西巡按王化澄、吏部左侍郎呂大器等文臣的擁戴下，神宗此時(shí)唯一的孫子、桂端王朱常瀛的第四子桂王朱由榔在肇慶府就任監(jiān)國，但是十月十六贛州失陷，桂王唯恐重蹈隆武帝覆轍，于是棄守肇慶，逃往廣西梧州。
十一月初二，自海路逃往廣州的隆武帝之弟、嗣唐王朱聿鐭被留守廣東的隆武帝大學(xué)士蘇觀生會同大學(xué)士何吾騶、廣東布政使顧元鏡、吏部侍郎王應(yīng)華、兵部曾道唯等擁立為監(jiān)國。十一月初五，四十一歲的朱聿鐭按兄終弟及的原則，繼承隆武帝之位，登基稱帝，以明年為紹武元年。這就是南明第三代皇帝——紹武帝。
十一月十八，得到紹武帝登基消息的桂王朱由榔在東返肇慶八天后也在丁魁楚、瞿式耜等人的支持下宣布登基，改明年為永歷元年，這就是南明第四代、也是最后一代皇帝——永歷帝。
永歷帝登基后，以自己是神宗皇帝唯一孫子的身份，號令紹武帝退位歸藩。紹武政權(quán)自然不肯就范，雙方又開始了新一輪地內(nèi)訌。十一月二十九，為了爭奪正統(tǒng)，雙方在廣東三水以西展開交戰(zhàn)，紹武政權(quán)先敗后勝，大破永歷政權(quán)軍隊(duì)，得到獲勝消息的紹武帝及其首輔蘇觀生喜不自禁，命令在廣州張燈結(jié)彩、粉飾太平。
就在南明殘余勢力展開內(nèi)訌、消耗最后的實(shí)力同時(shí)，清軍佟養(yǎng)甲、李成棟部已經(jīng)攻占潮州、惠州，直逼廣州，沿途收降南明地方官員，并用當(dāng)?shù)毓俑挠⌒艂卧炱桨参臅f交廣州紹武政權(quán)，以麻痹其君臣。
南明隆武二年、清順治三年（1646年）十二月十五，李成棟部抵達(dá)廣州近郊，然后派三百人喬裝打扮混入廣州，于鬧市間突然脫去偽裝，露出清軍服飾，一面大喊“清軍已到！”，一面四處砍殺，廣州城頓時(shí)大亂，清軍趁亂奪取城門，城外大軍隨即殺入。
紹武帝和蘇觀生君臣正在國子監(jiān)視察，突然聞報(bào)清軍入城，還以為是謊報(bào)，后來得知消息屬實(shí)，急忙調(diào)兵迎戰(zhàn)。但是紹武政權(quán)主力都在三水前線和永歷政權(quán)作戰(zhàn)，無法回師救援，而城內(nèi)宿衛(wèi)軍隊(duì)一時(shí)也召集不全，不能抵抗，這樣，廣州城在莫名其妙中失陷。
廣州陷落后，首輔蘇觀生自縊，紹武帝則想趁亂化妝成乞丐逃出城外，但是被清軍認(rèn)出，抓獲后囚禁于廣州府衙。李成棟沒有立即殺害紹武帝，還送食物飲水給他。不過之前幾乎一無是處的紹武帝在這個(gè)時(shí)候倒是表現(xiàn)出了骨氣，不吃也不喝，并說：“我若飲汝一勺水，何以見先人于地下！”當(dāng)晚趁守兵不備，紹武帝在監(jiān)室用衣帶自縊而死，也算為國殉節(jié)了。
廣州失陷、紹武帝殉國后，南明正統(tǒng)之爭終于告一段落，永歷帝朱由榔在名義上成為南明殘余勢力的共主（除了在鄭彩、張名振等人支持下、退居舟山，拒不去除監(jiān)國稱號的魯王朱以海勢力之外），但此時(shí)南明政權(quán)已經(jīng)日薄西山，行將崩潰。永歷帝在之后的日子里四處逃竄，躲避清軍追殺，狼狽不堪。
南明永歷元年、清順治四年(1647年），永歷帝先后從肇慶逃奔梧州，又從梧州逃奔桂林、全州，最后經(jīng)靖州抵達(dá)武岡，駐蹕于此，改武岡為奉天府。但是在武岡的時(shí)候，永歷帝幾乎被當(dāng)?shù)厥貙⒊胸钒抵泄唇Y(jié)清軍擒獲，慌亂中逃出城，直奔柳州，才避免被俘，但隨行的財(cái)物金帛都被柳州土司劫掠一空。幸好李自成大順軍余部此時(shí)主動與永歷帝取得聯(lián)系，并歸附南明，使得南明政權(quán)獲得外部助力。十二月，永歷帝在大順軍余部郝?lián)u旗的護(hù)衛(wèi)下，自柳州抵達(dá)桂林。
南明永歷二年、清順治五年（1648年），清軍內(nèi)部因爭奪權(quán)力導(dǎo)致內(nèi)訌，原清軍將領(lǐng)江西提督金聲桓、廣東提督李成棟、廣西巡撫耿獻(xiàn)忠、大同總兵姜鑲等先后宣布回歸明朝，永歷政權(quán)名義上控制的疆域擴(kuò)展為云貴、兩廣、湖南、江西四川等地，北方山陜、甘肅一部也歸附南明，再加上保有福建和浙江等地的魯監(jiān)國部及鄭氏集團(tuán)中舉起反清旗號的鄭成功部，南明勢力大漲，局面一度大好。
但此時(shí)南明政權(quán)一直以來都存在的內(nèi)訌傳統(tǒng)再一次顯現(xiàn)，永歷政權(quán)以正統(tǒng)自居，鄙視并猜忌歸附的大順軍余部，對于反正的金聲桓、李成棟等人也不信任，各派勢力相互攻訐，所以內(nèi)部矛盾依舊嚴(yán)重，非正統(tǒng)勢力倍受排擠打擊，永歷政權(quán)上下不能團(tuán)結(jié)一致，清軍得以從容調(diào)兵，以各個(gè)擊破。
南明永歷三年、清順治六年（1649年）正月，清軍主力圍攻南昌并破城，南明南昌守將金聲桓自殺，同一天，南明湖南守將、大學(xué)士何騰蛟在湘潭被俘，六天后被殺害于長沙。三月初一，援救江西的南明廣東守將李成棟在江西信豐與清軍交戰(zhàn)失利，撤退途中溺死河中。
南明永歷四年、清順治六年（1650年）正月，廣西也在清軍的攻擊中大部失陷，大臣瞿式耜，張同敞在桂林被清將孔有德俘獲，不屈被殺。南明政權(quán)疆域退縮到云貴及四川南部一帶，原先獲得的土地全部失去。
南明永歷五年、清順治七年（1651年），原張獻(xiàn)忠大西軍余部也加入了南明政權(quán)，永歷帝封其首領(lǐng)孫可望為秦王、李定國為晉王，以示聯(lián)合抗敵之意。孫可望將永歷帝安置到安龍府（今貴州安龍縣）居住，實(shí)際是被軟禁于此。逃亡多年后，永歷帝終于過上了雖然不自由但是卻安穩(wěn)平靜的生活。
南明永歷七年、清順治九年（1653年），以大西軍余部為主力的南明軍隊(duì)發(fā)動反擊，先后取得桂林大捷、衡陽大捷，擊斃清定南王孔有德、敬謹(jǐn)親王尼堪，收復(fù)了湖南、廣西、川南等地，清廷震動，幾乎要割南方七省和南明議和（云、貴、粵、桂、湘、贛、閩）。但是南明的內(nèi)訌傳統(tǒng)又一次顯現(xiàn)，孫可望嫉妒李定國的大功，逼走李定國遠(yuǎn)赴廣東，導(dǎo)致大好局面功虧一簣。
南明永歷八年、清順治十一年（1654年），野心膨脹的孫可望欲自立為帝，因此和堅(jiān)持擁立永歷帝的李定國產(chǎn)生矛盾，孫可望欲殺李定國。永歷九年（1655年），李定國出兵安龍府，把永歷帝從孫可望勢力中解救出來，護(hù)送到云南昆明府居住。孫可望大怒，和李定國斷絕往來。南明永歷十一年、清順治十四年（1657年）八月，孫李兩軍在于曲靖交水河畔交戰(zhàn)，孫可望所部大部分都不愿意和李定國交戰(zhàn)，紛紛陣前倒戈，孫可望只得狼狽地率數(shù)十人逃走。之后孫可望勢窮，向清軍投降，受封義王。然后孫可望將南明內(nèi)部情況和軍事部署統(tǒng)統(tǒng)告知清朝，使得清軍在后續(xù)作戰(zhàn)中探究到南明政權(quán)的虛實(shí)，接連擊敗明軍，攻陷湖南、貴州、四川各地。
南明永歷十二年、清順治十五年（1658年），清軍兵分三路，攻入南明最后的疆域云南，李定國勢單力薄，抵擋不住，只得奉永歷帝撤退，云南淪陷。南明永歷十三年、清順治十六年（1659年），李定國在永昌（云南保山）發(fā)動了自己一生中最后一次大規(guī)模戰(zhàn)役——磨盤山戰(zhàn)役，和清軍吳三桂部兩敗俱傷，清軍因此不敢繼續(xù)尾追，永歷帝得以由昆明經(jīng)永昌撤退到騰越（云南騰沖），并由騰越逃到緬甸境內(nèi)。至此，南明在實(shí)際上已經(jīng)滅亡，永歷政權(quán)在國境內(nèi)失去了所有立足點(diǎn)（大順軍余部夔東十三家、鄭成功福建勢力范圍除外）。此后李定國多次出兵入緬，想要接回永歷帝，都不能如愿。
南明永歷十五年、清順治十八年（1661年）三月，緬甸發(fā)生內(nèi)亂，王第莽白弒殺緬王莽達(dá)、自立為王。八月，莽白發(fā)動咒水之難，盡殺永歷帝隨侍官員護(hù)衛(wèi)侍從，并將永歷帝軟禁。十二月，清軍吳三桂部攻入緬甸索取永歷帝。莽白迫于清軍壓力，將永歷帝以及太后、皇后、皇太子等人全部交給清軍。清軍俘獲永歷帝全家后，退兵返回國內(nèi)。
南明永歷十六年、清康熙元年（1661年）三月十三，永歷帝被清軍押回昆明，四月十五，永歷帝與其皇太子朱慈煊于昆明篦子坡遇害，時(shí)年四十歲。延平王鄭經(jīng)聞訊后在臺灣追謚其為應(yīng)天推道敏毅恭儉經(jīng)文緯武禮仁克孝匡皇帝，上廟號昭宗。
永歷帝的遇害，標(biāo)志著大明皇統(tǒng)就此斷絕，同時(shí)也標(biāo)志著歷時(shí)十七年的南明政權(quán)歷史到此徹底結(jié)束。
