因?yàn)樗抉R遷是首尊黃帝的，這個(gè)事情，在《太史公自序》《封禪書》內(nèi)均有解釋，并非司馬遷不知三皇，而是對(duì)于資料有所取舍。我認(rèn)為這是屬于史家的良知。這是司馬遷獨(dú)立的思考，至少這跟他的史學(xué)啟蒙老師，也是太史令的父親司馬談是不同的。是司馬遷的自我學(xué)術(shù)認(rèn)知并慎重做出的選擇。
很多學(xué)者做了解釋，林伯桐說(shuō)自古的制度都是黃帝開始制定的，只不過(guò)司馬遷《五帝本紀(jì)》把他作為起始，另有深意而已。
《蓬廬文鈔》直接說(shuō)司馬遷“首黃帝”，并非出自本意 。證據(jù)也很明顯。司馬遷是為《史記》做了自序的，《太史公自序》中說(shuō)：“於是卒述陶唐以來(lái)，至于麟止，自黃帝始。維昔黃帝，法天則地，四圣遵序，各成法度；唐堯遜位，虞舜不臺(tái)；厥美帝功，萬(wàn)世載之。作五帝本紀(jì)第一。”
《封禪書》所說(shuō)，大抵如此。
也就是說(shuō)，司馬遷要強(qiáng)調(diào)的時(shí)代是“堯以來(lái)”、“陶唐以來(lái)”。直接說(shuō)明刪《書》，斷自唐虞。可見，以“黃帝”為首 并非出自本意。
這是司馬遷的本意，也就是司馬遷并非想從黃帝開始。但是，現(xiàn)實(shí)讓他做出選擇。現(xiàn)實(shí)的原因大概如下：
1.漢自漢高祖劉邦起，就在沛庭為黃帝建祠。
那實(shí)際上司馬遷在很多地方，比如《外戚世家》中，反復(fù)說(shuō)漢當(dāng)時(shí)掌權(quán)的竇太后好黃老。黃老，即是黃帝、老子思想。漢代的黃帝，孝景帝、武帝，都通讀黃老之書，漢武帝甚至曾經(jīng)感嘆：“吾誠(chéng)得如黃帝，吾視去妻子如脫縊耳�！币�?yàn)榛实墼?jīng)有羽化成仙的傳說(shuō)，所謂羽化成仙，實(shí)際上是養(yǎng)生大成的說(shuō)法，最終化如羽毛，飄飄升仙。漢武帝希望長(zhǎng)生，有此感嘆。
這說(shuō)明，漢武帝其實(shí)是知道黃帝的，至少黃老思想他很崇拜。
2.漢武帝的做法對(duì)司馬遷有很大的影響。
司馬遷在《封禪書》中記載了漢武帝巡狩天下、改歷等事件，所有事情的根因，都托言于黃帝，當(dāng)時(shí)公孫 子為漢武帝窮兵黷武做遮掩 ，說(shuō)“黃帝且戰(zhàn)且學(xué)仙”，也就是抓住現(xiàn)實(shí)，打仗抓取利益跟學(xué)仙求道不沖突，因?yàn)辄S帝就是這么做的。
而，司馬遷的父親司馬談最惋惜的事情是沒有跟隨漢武帝封禪泰山。
司馬遷開始作史，寫《五帝本紀(jì)》時(shí)，恰好是太初元年，當(dāng)時(shí)明堂改建，諸神都得祭祀，而漢武帝所用的計(jì)算方法是黃帝迎日推莢法。如果司馬遷不首黃帝，是失了臣子將順之道的。
綜上可知，司馬遷的《五帝本紀(jì)》實(shí)際上是司馬遷的諫書，對(duì)照一下《封禪書》便知道了。
這是司馬遷審時(shí)度勢(shì)后的選擇，想來(lái)太史公當(dāng)時(shí)是很矛盾的了。
另外，對(duì)于自己心中如何想，為何要做《五帝本紀(jì)》為首，司馬遷其實(shí)做了很多解釋：
1.《五帝本紀(jì)贊》中有解釋，說(shuō)的很明白：
“學(xué)者多稱五帝，尚矣。然《尚書》獨(dú)載堯以來(lái)，而百家言黃帝，其文不雅馴，薦紳先生難言之�？鬃铀鶄鳌对子鑶�(wèn)五帝德》及《帝系姓》，儒者或不傳……予觀《春秋》《國(guó)語(yǔ)》，其發(fā)明《五帝德》《帝系姓》章矣……其軼乃時(shí)時(shí)見於他說(shuō)。非好學(xué)深思，心知其意，固難為淺見寡聞道也。余并論次，擇其言尤雅者，故著為本紀(jì)書首�！�
意思很簡(jiǎn)單，解釋一下就是，很多學(xué)者比較推崇五帝，但比較可信的《尚書》卻只寫“堯以來(lái)”，諸子百家 說(shuō)黃帝，但動(dòng)不動(dòng)討論鬼神，不甚可信，他只好從《春秋》《國(guó)語(yǔ)》里做一些選擇，排列順序，選擇說(shuō)法比較靠譜的，作《五帝本紀(jì)》為《史記》之首。
這是從史料是否可靠這一點(diǎn)來(lái)說(shuō)的。
2.《封禪書》再做解釋：
“其語(yǔ)不經(jīng)見，縉紳者不道�！�
意思是經(jīng)典之作中不見這種記載，有身份的人也不說(shuō)這些事。
3.《大宛列傳》作解釋�！洞笸鹆袀鳌分�，直接說(shuō)明司馬遷選材料的標(biāo)準(zhǔn)，凡是比較實(shí)際的，與《尚書》相近的選擇，像《禹本紀(jì)》、《山海經(jīng)》里的那些怪物怪事，是不敢說(shuō)的。
這三點(diǎn)，都說(shuō)明司馬遷自己的標(biāo)準(zhǔn)。也就是選材料的標(biāo)準(zhǔn)。這是司馬遷為后世史家立了一個(gè)準(zhǔn)則。
司馬遷把自己的選史料的準(zhǔn)則，做選擇的理由，在他的文字里，多有遺留 。司馬遷如此選擇，如此做準(zhǔn)則，是有深意的。也比較符合中國(guó)客觀哲學(xué)思想。
在中國(guó)的諸子百家哲學(xué)思想中，無(wú)論是儒家、道家、墨家等等，都跟司馬遷這個(gè)準(zhǔn)則高度統(tǒng)一。司馬遷真是博覽群書、用心良苦啊。
比如：
《論語(yǔ)·述而》：“子不語(yǔ)怪、力、亂、神�！笨鬃邮遣徽劰砉值�。
《莊子·齊物論》：“六合之外，圣人存而不論。”不是人間的事情，莊子推崇的圣人是當(dāng)它存在，但絕不會(huì)說(shuō)的，這叫存而不論。
屈原的《天問(wèn)》，凡涉及到古來(lái)“傳道”（傳說(shuō)），就是司馬遷所說(shuō)的“不敢言”的“軼事”。
總之，司馬遷的文字恰像李贄所說(shuō)的“至文出于童心”，保持著好奇認(rèn)真，但絕不汰虛課實(shí)。
司馬遷也絕不輕信。我們舉個(gè)例子就知道了，好奇是好奇，但是絕不輕信。司馬遷的單子非常大，但他追求事實(shí)，甚至在很多文字中都說(shuō)，以前的記載不可盡信，傳聞是必須 裁擇的，似史而非“軼事”的俗說(shuō)應(yīng)當(dāng)排除在史記之外�！耙叭恕苯蚪驑返赖脑�，而“縉紳不輕言”，就必須做出謹(jǐn)慎選擇。
他在《封禪書》中寫了申公說(shuō)：“黃帝且戰(zhàn)且學(xué)仙，……百余歲然后得遇神通，……有龍 垂胡髯，下迎黃帝，黃帝上 騎”，但這是別人說(shuō)的，巴結(jié)漢武帝的人說(shuō)黃帝一邊打仗一邊修仙，后來(lái)有龍來(lái)迎黃帝，黃帝騎龍而去。
司馬遷只是記載有這種人，自己絕不說(shuō)這種話，司馬遷作《五帝本紀(jì)》，很謹(jǐn)慎地說(shuō)了一句：“黃帝崩，葬橋山�！秉S帝死了之后，葬于橋山。司馬遷不說(shuō)怪力亂神不可信的事情。
司馬遷還對(duì)這種巴結(jié)的人做了很深的諷刺，《封禪書》中說(shuō)漢武帝去祭奠黃帝的冢，突然醒悟，問(wèn)，不是說(shuō)黃帝不死嗎，怎么現(xiàn)在還有墳?zāi)?？那些拍馬屁的人只好說(shuō)，黃帝已經(jīng)升仙上天，臣子們把皇帝的衣冠葬在了這里。
《戰(zhàn)國(guó)策》中寫豫讓刺殺趙襄子事件，說(shuō)豫讓 用劍砍趙襄子的衣服三次，衣服出血，而趙襄子回去之后，立即死了。
司馬遷《刺客列傳》中寫豫讓刺殺趙襄子事件，絕對(duì)不會(huì)說(shuō)衣服出血這種怪話，唯恐自己涉及怪妄，直接寫趙襄子把衣服給豫讓，豫讓拔劍三躍而擊之，就完了。
司馬遷就是這么謹(jǐn)慎。從資料上來(lái)說(shuō)，黃帝的資料太像神話，只能做如此選擇。
綜合以上一切原因，司馬遷從現(xiàn)實(shí)、自己的史觀、材料取舍等三個(gè)方面做出了很良心的選擇。很多問(wèn)題都處理的很漂亮，以《五帝本紀(jì)》為首，黃帝的內(nèi)容擯棄了。
