愛新覺羅·玄燁康熙十二年（1673年）三月，以平南王尚可喜請求歸老遼東，但請求留其子之信繼續(xù)鎮(zhèn)守廣東為引線，引發(fā)了是否撤藩的激烈爭論。最后康熙帝認(rèn)為“藩鎮(zhèn)久握重兵，勢成尾大，非國家利”，決定下令“撤藩”。
同年十一月，吳三桂在云南發(fā)動叛亂，提出反清復(fù)明，并于次年派將率軍進(jìn)攻湖南，攻陷常德、長沙、岳州、澧州、衡州等地。他又派人四出散布檄文，聲討清朝。廣西將軍孫延齡、四川巡撫羅森等許多地方大員紛紛反清。接著，福建耿精忠亦反。在短短數(shù)月之內(nèi)，滇、黔、湘、桂、閩、川六省丟失，一時間清帝國危在旦夕。隨后，陜西提督王輔臣、廣東尚之信等也相繼反叛，叛亂擴(kuò)大到廣東、江西和陜西、甘肅等省。
康熙帝對策是堅決打擊吳三桂，決不給予妥協(xié)講和的機(jī)會；而對其他的叛變者則大開招撫之門，以此來分化叛軍，削弱吳三桂的羽翼，從而孤立吳三桂。在這個方針之下，康熙帝把湖南作為軍事進(jìn)攻的重點(diǎn)，命勒爾錦等統(tǒng)領(lǐng)大軍至荊州、武昌，正面抵住吳三桂，并進(jìn)擊湖南，又命岳樂由江西赴長沙，以夾攻湖南。此外，康熙帝又放手重用漢將漢兵作戰(zhàn)。
康熙十五年（1676年），陜西王輔臣和福建耿精忠在清軍進(jìn)攻下，先后投降。廣東的尚之信也于康熙十六年（1677年）投降。陜、閩、粵以及江西都先后平定。吳三桂局促于湖南一隅之地，外援日削，而清軍已由江西進(jìn)圍長沙，其失敗之勢已成。
康熙十七年（1678年）三月，吳三桂在衡州稱帝，國號周，大封諸將。未幾即憂憤成疾，于八月病死。吳三桂死后，其部將迎立其孫吳世璠繼位，退居云貴。此后，清軍先后收復(fù)湖南、廣西和四川。
康熙二十一年（1681年）冬，清軍攻破昆明，吳世璠自殺。
康熙二十年（1681年），鄭經(jīng)中風(fēng)而死，臺灣鄭氏王朝發(fā)生政變，年僅12歲的鄭克塽繼任延平王，大權(quán)實(shí)際上為馮錫范、劉國軒掌握，鄭氏官員向心力開始動搖，負(fù)責(zé)與清朝談和的傅為霖甚至愿當(dāng)內(nèi)應(yīng)。 姚啟圣認(rèn)為是進(jìn)攻臺灣的好時機(jī)，向康熙帝推薦施瑯。
康熙二十二年（1683年），康熙以施瑯為福建水師提督，出兵攻臺，在澎湖大敗劉國軒所率領(lǐng)的鄭氏海軍，收復(fù)了臺灣。康熙二十三年（1684年），清政府在臺灣設(shè)一府（臺灣府）三縣，即臺灣縣（今臺南）、鳳山縣（今高雄）、諸羅縣（今嘉義），隸福建省，并在臺灣設(shè)巡道一員，總兵官一員，副將二員，兵八千。在澎湖設(shè)副將一員，兵二千。從而加強(qiáng)了中央對臺灣的管轄，促進(jìn)了臺灣經(jīng)濟(jì)文化的發(fā)展。
從明末開始，沙俄遠(yuǎn)征軍曾多次入侵黑龍江流域，燒殺搶劫，四處蠶食�？滴醵辏�1683年）九月，清廷勒令盤踞在雅克薩等地的沙俄侵略軍撤離清領(lǐng)土。沙俄軍不予理睬，反而率兵竄至愛琿劫掠，清將薩布素將其擊敗，并將黑龍江下游沙俄軍建立的據(jù)點(diǎn)均予焚毀，使雅克薩成為孤城。但沙俄軍負(fù)隅頑抗。康熙二十四年（1685 年）正月二十三日，為了徹底消除沙俄侵略，康熙帝命都統(tǒng)彭春赴愛琿，數(shù)日攻克雅克薩城，即行回師，留部分兵力駐守愛琿，另派兵在愛琿、墨爾根（今黑龍江嫩江）屯田，加強(qiáng)黑龍江一帶防務(wù)。
康熙二十四年（1685年）秋，沙俄卷土重來，再次占領(lǐng)雅克薩城。俄軍這一背信棄義的行為引起清政府的極大憤慨。次年初，康熙接到奏報，即下令反擊�？滴醵迥辏�1686年）七月二十四日，清軍2000多人進(jìn)抵雅克薩城下，將城圍困起來，勒令沙俄侵略軍投降。托爾布津不理。八月，清軍開始攻城，托爾布津中彈身亡，改由杯敦代行指揮，繼續(xù)頑抗。八月二十五日，清軍考慮到沙俄侵略者死守雅克薩，必待援兵，且考慮隆冬冰合后，艦船行動、馬匹糧秣等不便，于是在雅克薩城的南、北、東三面掘壕圍困，在城西河上派戰(zhàn)艦巡邏，切斷守敵外援。侵略軍被圍困，戰(zhàn)死病死很多，826名俄軍， 最后只剩66人。雅克薩城旦夕可下，俄國攝政王索菲亞急忙向清廷請求撤圍，遣使議定邊界。清廷答應(yīng)所請，準(zhǔn)許沙俄軍殘部撤往尼布楚。
雅克薩之戰(zhàn)結(jié)束后，雙方于康熙二十八年（1689年） 七月二十四日締結(jié)了《中俄尼布楚約》，規(guī)定以外興安嶺至海格爾必齊河和額爾古納河為中俄兩國東段邊界，黑龍江以北，外興安嶺以南和烏蘇里江以東地區(qū)均為清朝領(lǐng)土。
清初，西北方居住的蒙古分為漠南蒙古、漠北喀爾喀蒙古和漠西厄魯特蒙古三大部。漠北喀爾喀蒙古內(nèi)部又分為扎薩克圖、土謝圖、車臣等三部，漠西厄魯特蒙古內(nèi)部又分為準(zhǔn)噶爾、和碩特、杜爾伯特、土爾扈特四部。清軍入關(guān)之前，漠南蒙古就已歸附大清，喀爾喀蒙古和厄魯特蒙古各部，也與清政府關(guān)系密切。
康熙二十六年（1687年）底，沙俄參加中俄邊界談判的全權(quán)代表戈洛文，在伊爾庫茨克專門接見了噶爾丹的代表，陰謀策動噶爾丹叛亂，支持他進(jìn)攻喀爾喀蒙古。在沙皇俄國的唆使下，噶爾丹終于率兵進(jìn)攻喀爾喀蒙古。
康熙二十七年（1688年），噶爾丹親率騎兵三萬自伊犁東進(jìn)，越過杭愛山，進(jìn)攻喀爾喀，占領(lǐng)整個喀爾喀地區(qū)。喀爾喀三部首領(lǐng)倉皇率眾數(shù)十萬分路東奔，逃往漠南烏珠穆沁（今內(nèi)蒙古烏珠穆沁旗）一帶，向清廷告急，請求保護(hù)�？滴跻幻姘阉麄儼仓迷诳茽柷撸ń駜�(nèi)蒙古科爾沁旗）放牧，一面責(zé)令噶爾丹罷兵西歸。但噶爾丹氣焰囂張，置之不理，反而率兵乘勢南下，深入烏珠穆沁境內(nèi)。對于噶爾丹的猖狂南犯，康熙一面下令就地征集兵馬，嚴(yán)行防堵，一面調(diào)兵遣將，準(zhǔn)備北上迎擊，先后在烏蘭布通和昭莫多大破準(zhǔn)噶爾�？滴跞辏�1698年）二月，康熙鑒于噶爾丹拒不投降，再次下詔親征。噶爾丹在眾叛親離的情況下，服毒自殺而死。至此康熙時期平定噶爾丹叛亂之戰(zhàn)始告結(jié)束，喀爾喀地區(qū)重新統(tǒng)一于清朝。
噶爾丹死后，策妄阿拉布坦便成為準(zhǔn)噶爾部的統(tǒng)治者。隨著他的統(tǒng)治地位的鞏固和地盤的不斷擴(kuò)大，又滋長了分裂割據(jù)的野心，沙皇俄國也積極支持其叛亂。策妄阿拉布坦在沙俄支持下，不斷襲擊清軍據(jù)守的科布多、巴里坤（今新疆巴里坤）、哈密等軍事重鎮(zhèn)，并派兵侵入西藏，進(jìn)行分裂叛亂活動。由于康熙及時派兵進(jìn)藏協(xié)同藏軍進(jìn)行圍剿，才將策妄阿拉布坦叛亂勢力趕出西藏。
