南京的莫愁湖和玄武湖，風景都很優(yōu)美，但是相比之下還是玄武湖的歷史更悠久一些。
玄武湖的人文歷史最早可追溯至先秦時期，公元前210年，傳說秦始皇第五次出巡回歸，至金陵時，幾個陪同的望氣術(shù)士見金陵四周山勢峻秀，地形險要，就對秦始皇說：金陵有天子氣。秦始皇一聽大為不悅，命人開鑿方山，使淮水流貫金陵，把王氣泄散，并將金陵改為秣陵，此時的湖泊更名為秣陵湖。
東漢建安末年，諸葛亮出使江東路過南京，作出“鐘山龍蟠，石頭虎踞，此乃帝王之宅也”的風水評價，玄武湖在六朝時面積比如今大，而且直接與長江相通，湖中可以成為水軍訓(xùn)練場所。
漢末時期，因秣陵都尉蔣子文葬于湖畔。
三國時期，吳大帝孫權(quán)為避祖父孫鐘名諱，改名“蔣陵湖”，并引水入宮苑后湖，因為玄武湖位于燕雀湖和太初宮之北，故又名“后湖”、“北湖”。
東晉到南朝時期，玄武湖先后有過昆明湖、飲馬塘、練湖、習武湖、練武湖等名稱，玄武湖進入歷史上的第一個鼎盛時期。
六朝時期，玄武湖是封建帝王的游樂之地。出于帝王都“四神布局”的需要，又由于劉宋元嘉二十五年（448年）湖中兩次出現(xiàn)“黑龍”，因而又稱玄武湖。宋大明三年曾在湖上設(shè)立上林苑，南岸還設(shè)立樂游苑、華林園。齊大明年間，武帝常半夜出獵，或到鐘山，或到幕府山，上萬宮女嚴裝陪同，天亮時回來剛剛聽到雞叫，“玄武湖中玉漏催，雞鳴埭口繡襦回”之句源出于此，至今武廟閘附近還有雞鳴埭的地名。
劉宋元嘉初年，宋文帝對玄武湖進行了一次大規(guī)模的疏浚，挖出來的湖泥堆積在一起，成了露出水面的小島。其中最大的為“蓬萊”、“方丈”、“瀛洲”三島，合稱“三神山”，這就是今天玄武湖中梁洲、環(huán)洲和櫻洲的前身。
隋唐時期，南京不再作為首都，玄武湖被冷落。大書法家顏真卿任升州刺史時，一度改玄武湖為“放生池”。不少著名詩人如李白、杜牧、韋莊、李商隱等，面對玄武湖地位的滄桑巨變大發(fā)感慨。
南唐時期，玄武湖一度復(fù)興，以致南唐大臣馮謐貪戀湖中“名目勝境，掩映如畫”，而向皇帝提出將湖贈給他為私園的請求，此事因遭到徐玄的阻止才作罷。
北宋熙寧八年（1075年），江寧府尹王安石提出了“廢湖還田”的主張，奏準宋神宗泄湖得田，玄武湖因此而消失了二百多年，嚴重影響了南京城內(nèi)的排水。
元朝大德五年（1301年）和元朝至正三年（1343年）的兩次疏浚，玄武湖才重新出現(xiàn)。
明朝洪武二年（1369年），明太祖朱元璋定都南京后，擴張南京城的范圍，玄武湖從此成為明南京城東北城墻外的護城河，把城墻建到了玄武湖南岸、西岸一側(cè)，使玄武湖與主城區(qū)及覆舟山、雞籠山之間多了一道無法逾越的屏障，徹底改變了六朝以來南京城市北部山水相連的視覺景觀，同時也阻斷了玄武湖此前與長江的連通，使玄武湖的水面進一步縮小，湖面僅及六朝時期的三分之一。同時在紫金山和玄武湖接合部建太平門一座，又在太平門外建“太平堤”（現(xiàn)成為龍蟠路一段），并將玄武湖緊貼鐘山西麓的一片湖面隔為“中湖”（現(xiàn)“中湖”遺跡還保存于白馬公園內(nèi)），從而徹底把原先連綿一片的鐘山—玄武湖區(qū)域人為分成兩地，改變了此前這一地區(qū)千萬年以來的山水格局。
明朝洪武十四年（1381年），朱元璋選中玄武湖作為明朝中央政府貯存全國戶口賦役總冊、田畝檔案的黃冊存放地，建后湖黃冊庫（相當于如今的中央檔案館），禁止民眾入內(nèi)。玄武湖從此作為一代禁地，與外界隔絕了二百六十多年。
清朝時期，因避康熙帝玄燁名諱，改玄武湖為元武湖�？滴�、乾隆南巡時均曾來此游歷并留下詩詞。清同治以后，元武湖有了一些園林建筑，其兩江總督曾國藩在梁洲重修湖神廟，并增建湖心亭、大仙樓、觀音閣、賞荷廳。后清大臣左宗棠還修筑了連通孤凄埂與梁洲的長堤，解決了游元武湖“必自太平門出，令舟而行”的不方便狀況。
清朝道光二十年（1840年）以后，隨著西風東漸，面向市民開放的近代“公園”在中國出現(xiàn)，公益性的“園林”概念進入中國，促使過去封閉和獨占式的皇家園林、私家園林等向公園形態(tài)轉(zhuǎn)變。
清朝光緒三十四年（1908年）時任兩江總督兼南洋通商大臣端方奉旨舉辦南洋勸業(yè)會，將湖泊辟為“五洲公園”對外開放，為方便中外來賓游覽，決定在靠近勸業(yè)會會場的城墻上開辟城門。工程尚未完工，端方調(diào)走，次年繼任總督張人駿負責，因張人駿籍貫河北豐潤，故命名為“豐潤門”。豐潤門（今玄武門）的開辟，是玄武湖的一大轉(zhuǎn)折點，標志著玄武湖正式成為近代歷史意義上的公園。后來陸陸續(xù)續(xù)筑翠虹堤以通湖上，玄武湖成為南京著名的游覽區(qū)。
民國初期，玄武湖沿襲清代名稱“元武湖公園”并成立了相應(yīng)的管理處，玄武湖管理處主要職責是管理園區(qū)內(nèi)的綠化，同時兼管全市的園林綠化。湖產(chǎn)則由私人承租，管理處只負責收取租金。每年冬季，承租人出于私利，常竭澤而漁，導(dǎo)致玄武湖淤泥日增，蘆葦叢生。管理處多次派湖警勸阻、制止皆無濟于事。針對此舉，管理處孫紳銘上書省政府，要求發(fā)文給予制止。
1925年8月7日，江蘇省省長鄭謙簽署布告，指出：“……玄武湖為南京名勝區(qū)，東枕鐘山，西噬神策，風景優(yōu)美，冠絕東南。年來湖身淤塞，蘆葦叢生，自應(yīng)歸復(fù)舊時水深度，以保勝景……自示之日，湖水深度應(yīng)常保七尺以上，冬季放水捕魚，亦須蓄水四尺，尚有貪圖小利，竭澤而漁等項情事，一經(jīng)查實，即當飭提，以嚴法辦，決不寬貸……”省長鄭謙簽署的布告，有力地遏制上述現(xiàn)象，保障了玄武湖的湖民利益和水產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。
1927年4月18日，國民政府定都南京。6月1日，成立南京市政府。同年，玄武湖成立“玄武湖管理局”，管理湖內(nèi)及全市園林綠化。
1928年5月，國民市政府決議成立“布臵玄武湖景委員會”，由原市工務(wù)局建設(shè)課課長徐策，擔任玄武湖管理局主任，要求把玄武湖建成現(xiàn)代式的“桃花源”。同年6月，市政府撤消了群利公司的玄武湖水產(chǎn)承租權(quán)，改由玄武湖管理局經(jīng)營，徹底杜絕了冬季竭澤而漁的現(xiàn)象，使玄武湖水的深度和清晰度得以恢復(fù)。布臵湖景委員會對園區(qū)內(nèi)的建筑重新修葺，鏟除蔓草，增設(shè)路燈，修建水池，添臵座椅，鋪設(shè)道路。市政府并令財政部撥款二千元，在老洲（梁洲）建一所花卉溫室，培植名貴花卉。整治后的玄武湖環(huán)境面貌煥然一新，使得當時的玄武湖“游人如織，高樓門道上，冠蓋相望，玄武門邊，途為之塞�！� （《市政公報》十六期）。
1928年8月19日，玄武湖作為公園正式對外開放。 民國初期，國民政府對玄武湖的建設(shè)和管理，在一定程度上起到了積極的作用，在社會上也產(chǎn)生了一定的影響。
1928年9月，改園名為“五洲公園”。
1933年，中央電影攝制片廠把風光旖旎的玄武湖作為重要攝影基地，并把歐洲（今櫻洲）、亞洲（今環(huán)洲）作為外景地，利用玄武湖獨有的湖光山色，拍攝出當時最新式的有聲電影。
1934年4月，重改“五洲公園”為“玄武湖園”，綠地面積進一步擴大，花卉品種增多，一批建筑如玄武廳、諾那塔、 凇滬抗戰(zhàn)紀念塔等先后落成。同年12月，該廠第一部紀錄片《農(nóng)人之春》在玄武湖攝制完成，并參加了比利時國際農(nóng)村影片展競賽。影片中很多鏡頭都真實地反映了當時湖民的生活狀況，影片播出后，一致獲得評委和觀眾的好評。《農(nóng)人之春》在本次參賽中名列第三，并獲得優(yōu)等獎�？箲�(zhàn)期間，該廠還拍攝了許多抗日救亡的宣傳片，為后人研究抗日戰(zhàn)爭史留下了許多珍貴的歷史資料。
1936年2月，日本駐華領(lǐng)事從東京購得2500株櫻花，“贈送”給南京市政府。這些標志著日本武士道精神的日本國花，運抵南京后，遍植于市內(nèi)各大公園和公共游覽區(qū)，并鏟除該地區(qū)所有象征著中國人民百折不撓，威武不屈，具有奮發(fā)向上精神的梅花。其中120株分別植于梁洲和翠洲。據(jù)戰(zhàn)后園林管理處統(tǒng)計，汪偽時期“植梅地區(qū)，不如櫻花面積千分之一。”
1937年“蘆溝橋事變”后，抗日戰(zhàn)爭全面爆發(fā)。蔣介石政府遷都重慶，汪精衛(wèi)政權(quán)相繼在南京成立偽國民政府，玄武湖成了汪偽政權(quán)接待“友邦”軍政要人的重要場所。侵略者可以肆意在園區(qū)內(nèi)從事一切活動，日軍不顧公園游人眾多，時常在園內(nèi)練兵，馳馬縱橫，臵游人生命于不顧。雖經(jīng)市園林管理處處長蘇榮軒請求南京防空司令部予以制止，但最終收效不大。侵略者還在玄武門左側(cè)修筑了一座堡壘，并架設(shè)機槍，對過往行人都要搜身檢查。在日軍統(tǒng)治下的南京，汪偽政府一點主權(quán)都沒有，就連玄武湖閉閘蓄水，也得與日本特務(wù)機關(guān)協(xié)商。
1939年，日軍駐考試院（現(xiàn)市政府大院）部隊，以玄武湖管理處關(guān)閘有礙部隊用水為由，強令管理處開閘放水，并于閘旁臵一標牌，禁止關(guān)閘。致使玄武湖水日漸枯竭，湖中水產(chǎn)和游船均受嚴重影響。后經(jīng)市長高冠吾多次與日本駐軍協(xié)商，才同意“每周一、四開閘兩次，以資湖水調(diào)節(jié)�！�
1940年10月13日，日本駐華使館在翠洲舉行“日、德、意三國同盟慶祝會”。當日，玄武湖停止一切活動，除與會者持有特殊證件外，任何游人及車輛均不得入園，湖面船只一律停靠岸邊。會場外，荷槍實彈的日本憲兵崗哨林立。玄武湖處在一片白色恐怖之中。國人雖有怨言，但在那種國破山河碎的年代，只有將國恥銘記心中，有待雪恥之日。
1942年11月，日本侵略者厚顏無恥地在翠洲舉辦了“大東亞戰(zhàn)爭博覽會”，宣揚二戰(zhàn)以來的“戰(zhàn)果”，展出了偷襲珍珠港、侵占緬甸的電動模型。大漢奸賣國賊汪精衛(wèi)應(yīng)日本大使、派遣軍總司令的邀請參觀了該展覽。但這種“長他人之氣”的展覽，自開展以來便遭到國人的抵制。日本政府為了吸引觀眾，又在展區(qū)內(nèi)增加了沐猴而冠、狗做算術(shù)之類的動物表演。盡管如此，但稍有愛國之心的人士也不涉足于此。
1945年，抗日戰(zhàn)爭進入反擊階段。8月15日，日本帝國主義宣布無條件投降。1946年5月，蔣介石政府還都南京，玄武湖再次成為國民黨中央政府和南京市政府政治、文化活動的中心。
莫愁湖最早形成于六朝時期，長江沿南京城西側(cè)流過，與秦淮河匯合于石頭城下，莫愁湖是長江的一部分，后長江改道北移，留下大片淤積地與一系列沼澤、池塘與湖泊。
南唐時期，時稱橫塘，因其依傍石頭城，故亦稱石城湖。
北宋《太平寰宇記》記載：“莫愁湖在三山門外，昔有妓盧莫愁家此，故名。”
南宋以前，莫愁湖所在的位置，正是長江中的白鷺洲。
明朝初年，莫愁湖進行了大規(guī)模開發(fā)建設(shè)，沿湖畔筑樓臺十余座。相傳明太祖朱元璋與開國元勛中山王徐達對弈于勝棋樓，詔以為“湯沐邑”，并賜予徐達。
明中葉，莫愁湖為徐達后裔、魏國公徐氏別業(yè)。其園枕湖帶山，極具眺望之致，有“四美堂”、“勝棋樓”等亭閣樓榭，成為金陵名園之一。王世貞譽之為“故都之第一勝地”。狀元朱之蕃在其所擬“金陵四十景”中，將莫愁湖以“莫愁曠覽”列為“金陵第一名勝”。明亡后，莫愁湖一度衰敗、樓閣傾頹，廳榭坍塌。
清朝乾隆五十八年（1793年），江寧知府李堯棟自捐俸銀復(fù)建郁金堂、蘇合廂，辟建湖心亭。樓臺間，湖沼畔，雜植花柳，斯湖復(fù)又盛隆，并以“莫愁煙雨”列為“金陵四十八景”之首，鄭板橋贊嘆其景日：“湖柳如煙，湖云似夢，湖浪濃于酒”。
清朝咸豐六年（1856年），莫愁湖之建筑及花樹皆毀于戰(zhàn)火。
清朝同治十年（1871年），直隸總督曾國藩修復(fù)湖心亭、勝棋樓、郁金堂、賞荷亭、光華亭等，并廣植花柳及蓮荷、荷花，成為莫愁湖又一景觀。
民國元年（1912年），粵軍揮師北伐成功后，為紀念犧牲的將士，將61位陣亡將士遺骸運回南京，安葬于莫愁湖南岸。
民國三年（1914年），巡按韓國鈞撥官錢修葺樓臺，并于湖西南隅拓地筑亭，帶以小池，編茅引泉，景觀尤佳。
民國十七年（1928年）12月14日，南京特別市市政府公園管理處接管莫愁湖，并辟為公園，民國二十一年（1932年）重修。
1951年，南京市人民政府將莫愁湖列為“第一區(qū)人民公園”。
