他自責(zé)、內(nèi)疚、沒(méi)臉回家鄉(xiāng)，再加上一到半夜那些死去的兄弟就找他索命，最后精神崩潰，選擇了自殺。
書(shū)中觀(guān)其一生性格，有著墻頭草、順風(fēng)倒的品行，雖為梁山軍師，但晁蓋在世時(shí)并未得到重用。一個(gè)原因是晁蓋忌諱他的名字，另外晁蓋認(rèn)為他用的都是落井下石、挑撥離間、逼良為娟等等一些損透腔的招數(shù)，并且跟自己隔著點(diǎn)什么，還與宋江走得太近。所以，梁山舉旗時(shí)后，晁蓋只信能文能武的公孫勝，把吳用涼在一邊兒。
晁蓋死后，宋江一繼位便清除異己，凡是以前晁蓋的那套班子全部擼去。公孫勝一下去，吳用便來(lái)個(gè)鯉魚(yú)躍龍門(mén)，穩(wěn)坐了軍師那把椅子，倒向宋江，還得了個(gè)噱頭：智多星。
宋江上位后，“勾結(jié)”朝廷積極運(yùn)作招安一事，以魯智深、武松為代表的大多數(shù)頭目極力反對(duì)，可以前反對(duì)招安的卻反過(guò)來(lái)“助紂為虐”，明里暗里支招，最終使計(jì)劃達(dá)成。
當(dāng)被“改裝”的梁山隊(duì)伍奉命南征方臘時(shí)，公孫勝率先遁形，之前晁蓋的一些“死黨”也先后抱病或借故不前(以林沖為首)。在無(wú)人可用并指揮不動(dòng)的情況下，吳用運(yùn)籌帷幄，以他智多星的身份排兵步陣，把死心塌地跟隨宋江的一些三流角色舉到了臺(tái)前，特別把與宋江同姓的一個(gè)人委以了重任，以示他對(duì)宋江的崇拜。
沒(méi)成想，與方臘義軍的第一仗，他就打破了梁山好漢自晁蓋、公孫勝時(shí)代“不死”的神話(huà)，三個(gè)好漢缺胳膊少腿的一起見(jiàn)了閻王，其中之一就是吳用點(diǎn)將、宋江器重的“云里金剛”宋萬(wàn)。
“新書(shū)中暗表”……你瞅吳用這腦袋瓜子，第一仗在用人上就犯了兵家大忌。放著霹靂火秦明不用(秦字與擒諧音)，竟用了一個(gè)宋萬(wàn)，而宋萬(wàn)諧音是“送萬(wàn)”的意思。結(jié)果，自宋萬(wàn)等三人開(kāi)了頭后，吳用不知“啥目的”死犟到底，競(jìng)在最后重用了史進(jìn)(死盡)。即然這么安排了，幾仗打下來(lái)，目標(biāo)終于實(shí)現(xiàn)了。
原梁山人馬損失逾萬(wàn)，而宋江那套班底子死了個(gè)精光，108將只剩三十幾人，這三十幾人還基本上都是跟隨晁蓋的開(kāi)山“老人兒”。
梁山眾將損失殆盡，童貫開(kāi)始大舉行動(dòng)，盡收勝利果實(shí)。魯智深、武松看出了梁山要走下坡路，事先退場(chǎng)，走時(shí)沒(méi)告訴任何人。只留給了吳用一張紙條：你真是吳用啊(無(wú)用)，一路走好……。
南征結(jié)束后，朝廷便對(duì)南征梁山頭目論功行賞：
宋江加授武德大夫、楚州安撫使，并兼楚洲地方兵馬都總管。
盧俊義(副先鋒討伐使)加授武功大夫、廬州安撫使，兼廬洲地方兵馬副總管。
雖說(shuō)他們倆都是三個(gè)官銜 ，但官位卻都是七品(僥幸沒(méi)死成的官更小，孫的角色)。
而先鋒軍師吳用，由于把梁山的“根兒”撥了個(gè)精光，竟被童貫報(bào)以朝廷著重封賞，官位升至四品武勝軍承宣使，宋江盧俊義和那些當(dāng)了小官的“兄弟”都有些蒙圈。只有原來(lái)就在朝廷當(dāng)官的呼延灼明白，這個(gè)所謂的承宣使其實(shí)是個(gè)閑職，聽(tīng)著挺大，其實(shí)根本不用上任，也沒(méi)任何權(quán)力，是童貫故意這么安排的，目的是讓梁山殘余內(nèi)部不知，所以，呼延灼總是當(dāng)面罵他。吳用也知道不得人心，怕見(jiàn)“熟人”，便常閉門(mén)不出，整日神情恍惚。
盧俊義在船上毒發(fā)之時(shí)，大罵了幾聲“吳用害我”后落入江中，吳用知道后，偷偷到了江邊跪在地上痛哭祭拜(是吳用使奸計(jì)，一首發(fā)詩(shī)硬把盧俊義坑上了梁山)。
宋江領(lǐng)了毒酒后，把吳用找來(lái)當(dāng)著李逵說(shuō)了一番話(huà)：
“你是哪伙的？你要不把眾兄弟當(dāng)了炮灰，朝廷敢欺負(fù)我嗎，我被你坑苦了”！
李逵喝完毒灑身亡后，沒(méi)閉上的眼睛死死盯著他，吳用的心徹底崩塌了。
剩下的梁山余部又跟著呼延灼南征北戰(zhàn)，最后悉數(shù)陣亡，呼延灼也在征伐中戰(zhàn)死。
一天，吳用只身一人來(lái)到梁山，在晁蓋墳前跪拜完后，來(lái)到滿(mǎn)是荒草的聚義廳，吊死在正門(mén)大梁上。
