1942年11月，蘭州機場。一架蘇聯飛機滿載藥品，準備飛往延安，可國民黨方面遲遲不予放行。時任侍從室一處主任的賀耀祖獲知后，并未上報蔣介石批準，直接下令機場方面予以放行。蔣介石聞訊，勃然大怒，加之賀耀祖的夫人倪斐君與進步人士往來密切，蔣介石免去賀耀祖的侍從室主任一職。12月，改任重慶市長。
賀耀祖，湖南寧鄉(xiāng)人。先后就讀于湖南陸軍小學、武昌陸軍第三中學。后赴日留學參加同盟會。1916年畢業(yè)于日本士官學校，回國后參加討袁、護法戰(zhàn)爭。
1926年，賀耀祖任湘西防務司令。后率部歸順國民政府，任國民革命軍獨立第2師師長，參與北伐。在接管九江防務后，當時碼頭工人為爭取增加工資，與英商展開罷工斗爭。英艦悍然炮轟北岸，賀耀祖指揮獨立一團奮勇還擊，最終接管了九江英租界。
1927年，賀耀祖任江右軍第3縱隊司令。攻克蕪湖后任40軍軍長。率部占領南京后出任南京衛(wèi)戍司令。
1928年，賀耀祖任第1集團軍第3軍團總指揮兼40軍軍長，再度北伐。5月，賀耀祖率部進入濟南。濟南慘案發(fā)生時，日軍要求嚴懲抗日的賀耀祖，蔣迫于日本人的威懾，下令將賀耀祖免職。后賀耀祖先后曾任職國民政府參軍長、徐州行營主任、國民政府參謀次長、駐土耳其公使等職。
抗戰(zhàn)期間，賀耀祖深明大義，堅決擁護抗日民族統一戰(zhàn)線政策，主張團結抗日，一致對外。1937年5月，賀耀祖出任蘭州行轅主任、甘肅省代理主席。期間，謝覺哉任八路軍駐蘭州辦事處代表。他與賀耀祖是老相識，在他的努力下，賀耀祖協助釋放了多名關押在蘭州的紅軍干部和政治犯。
1938年，賀耀祖在任軍委會辦公廳上將主任期間，營救多名進步人士，并提供給他們去延安的證件和路費，并積極支持夫人倪斐君從事進步活動。他也因此被蔣罵作“連老婆也管不了”。同年8月，賀耀祖任軍統局長。后任駐蘇特使、侍從室主任等職。
1942年12月，賀耀祖任重慶市長。重慶判談期間，賀耀祖親赴機場迎接延安方面人士，并對談判期間毛、周等人的人身安全加強安保。賀耀祖還曾設家宴款待毛一行。
1945年底，反對內戰(zhàn)的賀耀祖辭去重慶市長。1949年8月，賀耀祖、龍云、黃紹竑等人在港通電反蔣起義，蔣介石嚴令緝拿。同年冬，賀耀祖回到北京。
建國后，賀耀祖任中南軍政委員會委員、交通部長等職。1961年7月16日在京病逝，安葬于八寶山革命公墓，終年73歲。
