基因突變對(duì)于生物進(jìn)化的意義至關(guān)重要，基因是生物進(jìn)化的原材料。但是單獨(dú)一個(gè)個(gè)體產(chǎn)生的基因突變對(duì)生物演化意義不大，生物的進(jìn)化需要某種優(yōu)勢基因在種群中的擴(kuò)張。

生物進(jìn)化的基礎(chǔ)是種群，推動(dòng)力是種群基因頻率的變化，可以說只要物種仍存在著，那么物種就時(shí)時(shí)刻刻在進(jìn)化著，因?yàn)槲锓N種群的不同個(gè)體，總的細(xì)胞量是十分巨大的，細(xì)胞分裂增殖中就伴隨著基因的突變，其中那些可遺傳的變異對(duì)生物的進(jìn)化意義巨大。然而物種的外露形狀也好、內(nèi)在的基因也罷，都受多種基因的影響，比如眉毛的存在，眉毛本身由基因的控制，然而皮膚的性質(zhì)、人體微環(huán)境都對(duì)毛發(fā)的生長有影響。

所以生物雖然時(shí)刻在進(jìn)化著，但是一時(shí)半會(huì)兒并不能形成外觀迥異的不同種群，就像人類的不同膚色，那是在數(shù)萬年間形成的，并不是一蹴而就的，但人類不同群體也確實(shí)存在了一定的基因差異，而這就是自然選擇的影響。新生物的形成首先是分離的種群，由于存在于不同的自然環(huán)境中，自然環(huán)境對(duì)于生物的進(jìn)化壓力不同，生物體內(nèi)基因被選擇的結(jié)果也是不同的，短期內(nèi)由于基因的差異并不是很明顯，而染色體、生殖系統(tǒng)結(jié)構(gòu)也沒有明顯的差異，同種生物的不同群體之間仍能發(fā)生基因交流。

然而基因變化是時(shí)時(shí)刻刻發(fā)生的，雖然短期內(nèi)沒啥影響，可長期的結(jié)果就是不同群體的基因差異越來越大，生活習(xí)性、生殖系統(tǒng)乃至染色體有了比較大的差異，兩個(gè)種群的染色體同源區(qū)段越來越短，在有形繁殖中難以形成完美的配對(duì)，要么直接不能產(chǎn)生受精卵，要么受精卵不發(fā)育不著床，要么是產(chǎn)生的個(gè)體不具備生殖能力，兩個(gè)種群徹底分開，成為不同的物種。

現(xiàn)有的生物學(xué)實(shí)驗(yàn)可以證實(shí)，生物突然發(fā)生的大范圍的基因喪失或者突變，往往是直接導(dǎo)致生物死亡，就像放射性物質(zhì)的作用一樣，放射性物質(zhì)放出的短波輻射可以直接沖擊生物的核酸鏈，導(dǎo)致核酸鏈斷裂或者形成大量的錯(cuò)配，結(jié)果就是細(xì)胞的正常功能無法維持而死亡，所以一般情況下新物種的形成是緩慢的基因突變及基因擴(kuò)散過程。但在超級(jí)細(xì)菌的形成中，通常是因?yàn)檩^為頻繁但并不是十分巨量的抗生素的應(yīng)用，對(duì)微生物的種群進(jìn)行了較為快速的選擇，大量的微生物死亡了，而只有那些能適應(yīng)抗生素的抗藥菌占據(jù)主流，相應(yīng)的基因隨著微生物的繁衍不斷擴(kuò)散，最終整個(gè)種群都具備抗藥性。這又是個(gè)相對(duì)較為迅速的過程。

新物種的形成需要基因庫的大幅度變動(dòng)，這一般需要較長的時(shí)間（地理隔離導(dǎo)致的新物種形成）或者較為劇烈的環(huán)境選擇因素（自然選擇導(dǎo)致的基因擴(kuò)散），所需要的時(shí)間沒準(zhǔn)，可能快也可能很慢，和外界環(huán)境和生物的繁殖速率（意味著變異傳承的速率）等因素有關(guān)。