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      科技 > 新算法揭示罕見(jiàn)CRISPR基因模塊 有希望生成基因組療法

      新算法揭示罕見(jiàn)CRISPR基因模塊 有希望生成基因組療法

      2023-12-02 14:29閱讀(179)

      CRISPR-Cas9在大多數(shù)人的認(rèn)知中是一種能夠編輯dna的實(shí)驗(yàn)室工具,其實(shí)CRISPR-Cas9也是免疫系統(tǒng)的一部分,能夠幫助微生物對(duì)抗病毒。美國(guó)麻省理工學(xué)院生物化學(xué)家張

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      CRISPR-Cas9在大多數(shù)人的認(rèn)知中是一種能夠編輯dna的實(shí)驗(yàn)室工具,其實(shí)CRISPR-Cas9也是免疫系統(tǒng)的一部分,能夠幫助微生物對(duì)抗病毒。美國(guó)麻省理工學(xué)院生物化學(xué)家張峰帶領(lǐng)著團(tuán)隊(duì)和美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)信息中心的研究人員,一起研發(fā)出了一種新的算法,在超過(guò)10億個(gè)蛋白質(zhì)序列中發(fā)現(xiàn)了新的CRISPR系統(tǒng),這一發(fā)現(xiàn)在今后很有可能會(huì)改變成基因組編輯工具,創(chuàng)造出更加安全可靠的基因組療法,相關(guān)的發(fā)現(xiàn)成果已經(jīng)在11月23日發(fā)表在了《科學(xué)》雜志中。

      張峰表示所有的研究人員對(duì)于CRISPR系統(tǒng)所擁有的多樣性感到十分的驚訝,本次的研究收獲頗豐,一方面研究了生物學(xué),另一方面可以幫助人類(lèi)找到更多有用的東西。單細(xì)胞細(xì)菌和古細(xì)菌就會(huì)使用CRISPR系統(tǒng)來(lái)保護(hù)自身,不會(huì)受到噬菌體的傷害。

      CRISPR系統(tǒng)一般是由兩個(gè)部分組成,分別是識(shí)別結(jié)合噬菌體dna或者rna的引導(dǎo)分子,以及在引導(dǎo)rna指示的位點(diǎn)切割或者干擾遺傳物質(zhì)的酶。截止到目前為止,研究人員已經(jīng)發(fā)現(xiàn)確定了6種CRISPR系統(tǒng),這6個(gè)系統(tǒng)的特性都有所不同,而且使用酶的類(lèi)別以及識(shí)別rna或者dna的方式都會(huì)有區(qū)別,這6個(gè)系統(tǒng)分別用I到VI的方式命名,用在基因工程領(lǐng)域的CRISPR-Cas9系統(tǒng)通常屬于II型。

      為了能夠在自然界中更加方便地尋找到更多的CRISPR系統(tǒng),所以張峰和自己的同事一起研發(fā)出了一種起名為FLSHclust的算法,能夠分析數(shù)據(jù)庫(kù)中的所有基因數(shù)列這些數(shù)據(jù)庫(kù)中有關(guān)于細(xì)菌和古細(xì)菌超過(guò)10萬(wàn)個(gè)基因組和超過(guò)1億個(gè)與特定物種相關(guān)聯(lián)的序列,以及數(shù)十億個(gè)編碼蛋白質(zhì)的基因。法國(guó)巴黎薩克雷大學(xué)微生物學(xué)家Christine Pourcel現(xiàn)在很難以確定一些類(lèi)型的CRISPR系統(tǒng)是否容易被發(fā)現(xiàn),因?yàn)閺哪壳暗难芯縼?lái)看,他們對(duì)于微生物的用處比較小。

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