由于在臺灣海峽的地形影響下，季風的風速比東海和南海都快，不適合航行。加上臺灣本島和澎湖水道海底地形復雜。

到明朝的造船技術(shù)和航海技術(shù)有了很大進步，鄭成功收復臺灣以后，才得以踏足臺灣，把臺灣納入漢人管轄范圍。

之所以有這個問題，是因為多多少少有些惋惜。臺灣離福建只有一百多公里，這對中國古代航海技術(shù)來講不是不可逾越的障礙，卻直到明朝末年才得到開發(fā)，甚至比千里迢迢跨過半個地球趕來的西班牙人和荷蘭人還晚一些，導致如今我們在敘述臺灣歷史時有些尷尬。按照正常的技術(shù)條件，如果唐宋年間就納入版圖，到清朝末年早就消化完畢，即使被日本殖民，今天的離心傾向是否也會小一些？1. 相對臺灣而言，琉球和日本離大陸文明更遠，卻更早誕生了文明國家。2. 同為偏遠海島，海南從西漢元封元年（公元前110年）就納入郡縣，到明末已經(jīng)耕地數(shù)百萬畝，編戶齊民數(shù)十萬。雖然海南離大陸較近，不過雷州海峽水流湍急，流向多變，海難頻發(fā)，航行也并不那么容易。3.三國年間（公元230年），孫權(quán)派將軍衛(wèi)溫率領甲士萬人到達的夷州，極有可能就是臺灣，說明早在公元三世紀大陸就完全可以展開大規(guī)模武裝移民。4.中國和更遠的東南亞甚至南亞地區(qū)之間早就建立了頻繁的貿(mào)易往來。早在東晉年間（公元412年），法顯和尚就是搭乘商船從斯里蘭卡途徑蘇門達臘、爪哇，橫跨危險的南海，從山東登陸回國。到了元朝（公元1292年），忽必烈甚至派遣過一千艘戰(zhàn)艦組成的海軍從福建出發(fā)攻克爪洼島。明永樂年間鄭和下西洋更是到達非洲東岸。5. 從明朝開始，中國南方人多地少的矛盾越來越突出，華人大規(guī)模開拓遙遠的南洋諸島，引起歐洲殖民者的忌憚。1603年，西班牙殖民者在馬尼拉屠殺了數(shù)萬華人。6. 臺南一帶土地肥美，而對岸的福建廣東山多地少，明清以來土客矛盾血流成河，連澎湖都得到開發(fā)，為何無人想到咫尺之遙的臺灣？臺灣歷史有明確文獻記載且能考證時間點者最早來自1582年的西班牙和葡萄牙記錄，最早的信史則從1624年荷蘭占據(jù)臺灣開始，中國史書記載的流求、夷州尚有少數(shù)爭議。但無疑的是，在民族英雄鄭成功收復臺灣之前，大陸即使知道臺灣，也并沒有開始大規(guī)模移民和開發(fā)。我猜測的原因可能有：1. 臺灣海峽風大浪大，海難頻發(fā)。但無論如何，橫渡臺灣海峽不可能比下南洋更危險，畢竟南海暗沙密布。2. 作為未開發(fā)的熱帶島嶼，瘧疾等疾病頻發(fā)。但考慮到從西漢起，海南和越南北部就被納入中國郡縣，這點理由也很可疑。3. 臺灣對岸的福建由于多山，開發(fā)較晚。但至遲到唐宋年間，福建已經(jīng)高度開發(fā)了，到明末尚有六七百年時間。

因為直到明朝鄭成功侵略臺灣，打敗荷蘭后，才把臺灣納入漢人政權(quán)管轄

無論是經(jīng)濟，還是政治軍事，大陸才是被追逐的舞臺，受到的關(guān)注大于其它的地方，這就容易忽視大陸之外的地方。

明朝末年，臺灣被荷蘭占領，鄭成功率領手下收復臺灣，并在此開發(fā)留駐，臺灣成了鄭成功的安生之地，而大陸是滿清天下，清朝為了完成統(tǒng)一，派施瑯收復臺灣。臺灣被重視是因為有外國要占領，引起鄭成功的關(guān)注，關(guān)乎國家利益，再一個就是可以提供安身的好去處。清朝重視是因為要完成統(tǒng)一，明朝殘余是心腹之患，必須鏟除。應該是鄭成功引起滿清對臺灣的關(guān)注，只有關(guān)注了，才會重視，然后就會有人去開發(fā)，人口就會慢慢多起來，經(jīng)濟就能發(fā)展起來，并為寶島臺灣打下良好基礎。

原因很簡單，臺灣海峽看著不寬，但實際上從福建出發(fā)渡海前往臺灣比前往琉球或呂宋要難得多。
地理問題一圖勝千言。

臺灣海峽呈兩頭寬中間窄的形狀，在地形影響下季風風速比東海和南海更快。加上臺灣海峽在冬季吹東北季風，夏季吹西南季風。從閩南出發(fā)的話航路和季風為直角，不適合航行。

加上臺灣本島和澎湖之間的澎湖水道海底地形復雜，海流加上強風使得這里古代船難頻發(fā)，被稱為黑水溝。到澎湖就已經(jīng)不易，想到臺灣本島更是難上加難。因此雖然在宋元時期就已經(jīng)有漢人開發(fā)澎湖的記錄，而臺灣本島則直到明朝漢人才得以踏足。
也因此在清朝渡臺悲歌中形容移民臺灣是六死三留一回頭，可想而知以古代的航海技術(shù)，從福建沿海渡臺是一件多么有風險的事情。與其冒這個不確定的險，為何不選擇路途雖遠但相對容易，且已經(jīng)確認有較大島嶼存在的呂宋呢。
實際上在古代從東亞大陸渡海前往臺灣最保險的方法是從長江口一帶走直線南下，如圖左下。這是一條比較風平浪靜的路線。（也是官方主張的孫吳發(fā)現(xiàn)夷洲的路線圖，但迄今沒有考古證據(jù)證明夷洲就是臺灣，也有人認為可能是琉球）

然而你在不能確定長途航行之后一定可以到達一個較大島嶼的話，會貿(mào)然選擇這條路線嗎？
所以直到明末，福建人對臺灣一無所知卻對遙遠的呂宋了如指掌也是可以理解了。

另外有必要糾正一下題主的一個誤解。嘉南平原面積雖大，但是一點都不肥美。相反，由于鹽堿問題和缺乏水源，嘉南平原曾長期是臺灣生產(chǎn)力最低的農(nóng)業(yè)區(qū)，遠不如臺北盆地和臺中彰化一帶。直到日本人在1930年代修建嘉南大圳情況才得以好轉(zhuǎn)。也因此臺灣北部在鴉片戰(zhàn)爭后茶葉貿(mào)易發(fā)展導致人口增加和高地被用來種植茶樹之后糧食不足，需要從福建購買大米。如果南部的大米就已經(jīng)足夠的話，也沒有必要從島外進口大米了。

你這問題本身有問題。民間對臺灣開發(fā)早就開始了。你有空去翻翻《史記》等史書吧。